针对您提出的“违法事实不能成立的，不予行政处罚，已立案后市场监督如何处理”的问题，以下是我根据《中华人民共和国行政处罚法》及相关实践为您提供的详细解答：

一、法律依据与原则

根据《中华人民共和国行政处罚法》（2021年修订）第五十七条第二款的规定，当违法事实不能成立时，行政机关应作出不予行政处罚的决定。这一原则体现了法治精神中的“疑罚从无”，即在没有充分证据证明当事人存在违法行为的情况下，不得对其实施行政处罚，从而保障了公民、法人或其他组织的合法权益，确保了行政处罚的公正性和合理性。

二、违法事实不能成立的情形

违法事实不能成立，通常包括以下几种情形：

1. 没有充分证据证明当事人实施了违法行为；
2. 现有证据不足以支撑违法事实的成立；
3. 经过深入调查，发现当事人的行为并不符合相关法律法规所规定的违法行为构成要件。

三、市场监督部门的处理流程

在已立案的情况下，若市场监督部门经过调查发现违法事实不能成立，应按照以下流程处理：

1. 调查终结与审查：执法人员在完成调查后，应全面、客观、公正地审查调查结果，包括收集的证据、当事人的陈述和申辩等。

2. 作出决定：根据审查结果，若确认违法事实不能成立，市场监督部门应依法作出不予行政处罚的决定。这一决定应基于充分的证据和合理的分析，确保决定的合法性和公正性。

3. 制作决定书：市场监督部门应制作不予行政处罚决定书，其中需载明当事人的基本信息、违法事实不成立的理由、不予行政处罚的依据等内容。决定书应格式规范、内容清晰，确保当事人能够充分理解决定的内容和依据。

4. 送达与告知：不予行政处罚决定书应及时送达当事人，并告知其相关权利，如申请行政复议或提起行政诉讼等。这有助于保障当事人的知情权和申诉权，确保其合法权益得到充分保障。

四、重要意义与实际应用

“违法事实不能成立的，不予行政处罚”这一规定不仅合理且必要。它体现了行政处罚的合法性、公正性以及对行政相对人权益的尊重和保护。在实际应用中，市场监督部门应严格遵守这一规定，确保在没有充分证据证明当事人违法的情况下，不轻易对其作出行政处罚决定。同时，这也要求执法人员在调查过程中必须全面、客观、公正地收集和分析证据，以确保调查结果的准确性和可靠性。

综上所述，当市场监督部门在已立案的情况下发现违法事实不能成立时，应依法作出不予行政处罚的决定，并按照规定的流程制作决定书、送达当事人并告知其相关权利。这一处理流程既体现了法治精神的要求，也保障了当事人的合法权益。