市场监管部门在立案调查后，如果证据不足，一般会按照以下方式处理：
撤销案件或不予处罚：
- 当市场监管部门在调查过程中发现证据不足以支持对当事人的违法行为进行认定时，根据“疑罪从无”的法律原则，市场监管部门可能会决定撤销案件，或者作出不予行政处罚的决定。这意味着，由于缺乏确凿证据，当事人将不会被追究法律责任。
继续调查或补充证据：
- 在某些情况下，市场监管部门可能会选择继续深入调查，以收集更多证据。这可能包括重新审查现有证据、进行新的询问、调查相关证人或请求其他机构协助调查等。如果调查过程中发现了新的线索或证据，市场监管部门可能会基于这些新证据重新评估案件，并作出相应的处理决定。
依法告知当事人：
- 无论市场监管部门最终决定如何处理案件，都需要依法告知当事人相关的处理结果和理由。这是保障当事人合法权益的重要一环，也是确保执法公正、透明的重要措施。
综上所述，市场监管部门在立案调查后证据不足的情况下，会根据具体情况作出撤销案件、不予处罚、继续调查或补充证据等处理决定，并依法告知当事人相关的处理结果和理由。如果你对此类问题有进一步的疑问或需要更详细的法律咨询，请直接向我提问。