在船上干活因违章被罚款1000元是否合理，需结合具体情况判断，不能一概而论。具体分析如下：

1. 罚款依据的合法性
   首先需确认罚款的依据是否合法。根据《行政处罚法》及相关行业法规（如《海上交通安全法》《海洋环境保护法》等），行政机关或授权单位对违法行为有权处以罚款，但必须满足以下条件：

   • 罚款主体需有法定授权（如海事局、渔业部门等）；
     
   • 罚款依据需为现行有效的法律、法规或规章；
     
   • 罚款金额需在法定幅度内（例如，某些违章行为可能规定罚款上限为1000元）。
     若罚款依据合法且程序正当，则罚款1000元可能合理；反之，若依据不存在或超出法定范围，则罚款不合法。

2. 违章行为的性质与情节
   罚款合理性还需结合违章行为的严重程度判断：

   • 若行为涉及重大安全隐患（如违规操作导致船舶倾覆风险）、环境污染或人员伤亡，罚款1000元可能属于较低处罚；
     
   • 若行为情节轻微（如未按规定穿戴救生衣），但法律明确规定罚款1000元，则需进一步审查处罚是否与情节相当。
     根据《行政处罚法》“过罚相当”原则，罚款金额应与违法行为的社会危害性、主观过错程度相适应。

3. 处罚程序的合规性
   即使罚款依据合法，若程序违法（如未告知权利、未听取陈述申辩、未出具正式处罚决定书等），罚款仍可能被撤销。
   您可要求处罚单位出示处罚决定书，核对以下内容：

   • 违法行为的具体描述、时间、地点；
     
   • 处罚依据的法律条文；
     
   • 罚款金额的计算方式；
     
   • 申诉或复议的途径和期限。
     若程序存在瑕疵，您有权提出异议或申请行政复议。

4. 行业惯例与地方性规定
   部分行业或地区可能对船上作业有特殊规定（如渔业、航运公司的内部规章），但需注意：

   • 企业内部规章不能超越法律授权设定罚款；
     
   • 地方性法规若与上位法冲突，应以上位法为准。
     若罚款依据仅为企业内部规定，您可拒绝缴纳并要求其通过法律途径解决。

建议行动步骤：

1. 要求处罚单位出具书面处罚决定书，明确依据和程序；
   
2. 核对相关法律条文，确认罚款是否在法定范围内；
   
3. 若认为处罚不当，可先与处罚单位沟通，或向其上级部门申请复议；
   
4. 必要时通过行政诉讼维护权益。
   

如有进一步细节（如处罚主体、具体违章行为等），可向我补充说明，我会为您分析具体法律风险。