在“包薪制”下，加班工时是否以最低工资标准工时计算加班费，需根据具体情况判断。以下是对此问题的详细分析：

1. 合法有效的“包薪制”情况：

   • 如果“包薪制”合同中明确区分了正常工作时间工资和加班工资，并且按照法定标准以正常工作时间工资为基数，对超出正常工作时间的工作依法折算加班工资后，连同正常工作时间工资一并以“包薪”形式支付给劳动者。
   • 同时，该“包薪”数额不低于以当地最低工资标准为基数核算出来的应支付工资总额（包含正常工作时间工资和依法核算的加班工资）。例如，若当地最低工资标准为每小时20元，正常工作时间为每周40小时，加班时间为每周10小时，且加班工资按正常工资的1.5倍计算，则应支付工资总额至少为（40小时×20元/小时）+（10小时×20元/小时×1.5）= 1100元。若“包薪”数额不低于此数，则视为用人单位已经支付了相应的加班费，无需额外支付。

2. “包薪制”约定不明确或不合理情况：

   • 如果合同中只是简单约定“包薪制”，没有对正常工作时间工资和加班工资进行明确区分，或无法从合同内容或用人单位规章制度中合理推导出加班工资的计算方式和支付情况，则不能直接认定用人单位已经支付了加班费。
   • 当“包薪”数额低于以当地最低工资标准为基数核算出来的应支付工资总额时，这种“包薪制”约定是不合理的，也是不合法的。例如，若按照上述计算，应支付工资总额至少为1100元，但“包薪”数额仅为1000元，则用人单位需按照法律规定，以法定的工资计算基数为标准，向劳动者补足加班费差额，即需额外支付100元。

法律建议：

• 为避免不必要的纠纷，建议用人单位和劳动者在签订劳动合同时，明确约定“包薪制”的具体内容，包括正常工作时间工资、加班工资的计算方式和支付情况等。
• 双方都应了解并遵守相关法律法规，特别是《中华人民共和国劳动法》中关于加班费支付的规定，确保合同的合法性和有效性。
• 若遇到“包薪制”下加班费支付问题，劳动者可先与用人单位协商解决；协商不成的，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

综上所述，“包薪制”下加班工时是否以最低工资标准工时计算加班费，需根据合同约定是否合法有效以及工资核算和支付是否合理来判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。