您好，关于包薪制合同中加班费的计算问题，这确实是一个涉及劳动法规定和具体计算方式的复杂问题。下面我将为您详细解答：

首先，我们需要明确的是，无论采用何种薪酬制度，加班费的计算都需遵循《中华人民共和国劳动法》及相关法律法规的规定。加班费的计算主要依据不同工作时间制度（如标准工作时间制度、综合计算工时工作制、不定时工作制）和加班类型（正常工作日加班、休息日加班、法定休假日加班）来确定。

一、标准工作时间制度下的加班费计算

在标准工作时间制度下，加班费的计算方式如下：

1. 正常工作日加班：

   • 加班费按照不低于劳动合同规定的劳动者本人小时工资标准的150%支付。
   • 计算公式：加班工资 = 月工资基数 ÷ 21.75 ÷ 8 × 加班小时数 × 150%。其中，21.75天是月计薪天数。

2. 休息日加班：

   • 若不能安排补休，加班费按照不低于劳动合同规定的劳动者本人日或小时工资标准的200%支付。
   • 计算公式（按天计算）：加班工资 = 月工资基数 ÷ 21.75 × 加班天数 × 200%。
   • 计算公式（按小时计算）：加班工资 = 月工资基数 ÷ 21.75 ÷ 8 × 加班小时数 × 200%。

3. 法定休假日加班：

   • 加班费按照不低于劳动合同规定的劳动者本人日或小时工资标准的300%支付。
   • 计算公式（按天计算）：加班工资 = 月工资基数 ÷ 21.75 × 加班天数 × 300%。
   • 计算公式（按小时计算）：加班工资 = 月工资基数 ÷ 21.75 ÷ 8 × 加班小时数 × 300%。

二、包薪制下的特殊考虑

在包薪制合同中，劳动者的工资通常已经包含了正常工作时间的薪酬以及可能的加班费（但需明确约定）。然而，这并不意味着用人单位可以随意规定加班费或免除支付加班费的义务。如果包薪制合同中的工资水平明显低于当地最低工资标准或未合理反映加班情况，那么该合同可能因违反法律法规而无效。

三、月工资基数的确定

在计算加班费时，月工资基数的确定至关重要。它通常按照以下方式确定：

• 如果劳动合同中有明确约定，则按不低于劳动合同约定的劳动者本人所在岗位（职位）相对应的工资标准确定。
• 如果劳动合同中没有约定，可由用人单位与员工代表通过集体协商，在集体合同中明确。
• 如果用人单位与劳动者无任何约定，则按劳动者本人正常出勤月工资的70%确定（但需注意，这一比例可能因地区而异，需参照当地政策执行）。

四、综合计算工时工作制和不定时工作制下的加班费

• 对于经劳动行政部门批准实行综合计算工时工作制的劳动者，其综合计算工作时间超过法定标准工作时间的部分，视为延长工作时间，按不低于劳动者本人小时工资标准的150%支付加班费。在法定休假日安排工作的，则按300%支付。
• 对于经劳动行政部门批准实行不定时工作制的劳动者，一般不执行上述加班工资的规定。但部分地区在法定休假日安排工作时，仍需支付不低于工资300%的加班费，具体依据当地法律法规确定。

总结与建议

综上所述，包薪制合同中的加班费计算仍需遵循劳动法的相关规定，并考虑月工资基数、工作时间制度以及加班类型等多个因素。为了确保您的权益得到保障，我建议您：

1. 仔细审查劳动合同中的相关条款，特别是关于加班费和月工资基数的约定。
2. 如果对合同条款有疑问或发现用人单位存在违法行为，及时与用人单位沟通协商或向当地劳动监察部门投诉。
3. 保留好相关证据（如工资条、加班记录等），以便在需要时维护自己的合法权益。

希望以上解答能对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。