员工住院手术期间，公司不发工资一般是不合法的。以下从不同角度为你详细分析：

法律背景

根据《工伤保险条例》以及相关的劳动法律法规，员工在因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。这意味着，如果员工住院手术是因为工作原因导致的工伤，那么在停工留薪期内，公司必须按照员工原来的工资福利待遇支付工资。

即使员工住院手术并非因工作原因导致，而是由于自身疾病或其他非工伤原因，根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，员工仍然享有医疗期，在医疗期内，公司也需要按照相关规定支付病假工资或疾病救济费。病假工资或疾病救济费可以低于当地最低工资标准支付，但不能低于最低工资标准的80%。

可能的法律后果

1. 如果公司不发工资且员工属于工伤情况：

   • 公司可能面临劳动行政部门的处罚，包括责令限期支付工资、加付赔偿金等。
   • 员工有权向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司支付停工留薪期内的工资以及可能的赔偿金。

2. 如果公司不发工资且员工属于非工伤情况：

   • 公司同样可能面临劳动行政部门的处罚，如果未按照规定支付病假工资或疾病救济费。
   • 员工也有权向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，维护自己的合法权益。

法律建议

1. 对于员工：

   • 首先确认自己住院手术的原因，是否属于工伤或符合医疗期的条件。
   • 如果属于工伤，及时向公司报告并申请工伤认定，以便享受停工留薪期的待遇。
   • 如果不属于工伤但符合医疗期条件，与公司沟通要求支付病假工资或疾病救济费。
   • 如果公司拒绝支付，可以向劳动行政部门投诉或向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。

2. 对于公司：

   • 建立健全的工资支付制度，确保在员工住院手术等特殊情况下能够依法支付工资。
   • 加强与员工的沟通，及时了解员工的情况，避免因为信息不对称而导致法律纠纷。
   • 如果对员工的住院手术原因或医疗期有疑问，可以咨询专业的法律人士或劳动行政部门进行确认。

综上所述，员工住院手术期间，公司不发工资一般是不合法的。无论是工伤还是非工伤情况，员工都有权享受相应的工资待遇。如果公司拒绝支付，员工可以通过法律途径维护自己的合法权益。如果你还有其他关于劳动工伤或工资福利方面的问题，可以直接向我咨询。