公司区分员工工资入项和出项，这一做法本身并不直接违法，但具体是否合法需根据其实际操作和目的来判断。以下从不同角度进行分析：
合法情形：
- 合理的财务管理：公司为了财务管理的清晰和准确，对工资进行入项（如记录为成本或费用）和出项（如实际支付给员工）的区分，这是正常的财务操作，不违反法律规定。
- 符合税法规定：公司在处理工资时，如果按照税法规定进行申报和缴纳税款，即使区分了入项和出项，也是合法的。例如，公司正确计算并代扣代缴了员工的个人所得税，这符合税法的规定。
违法情形：
- 逃避税收：如果公司通过区分工资入项和出项的方式，故意隐瞒或减少应纳税所得额，从而逃避缴纳税款，那么这种行为就是违法的。根据《中华人民共和国税收征收管理法》等相关规定，公司有义务如实申报并缴纳税款，逃避税收将面临法律制裁。
- 侵犯员工权益：如果公司区分工资入项和出项的目的是为了克扣或拖欠员工工资，那么这种行为也是违法的。根据《中华人民共和国劳动法》等相关规定，员工有权获得与其劳动相应的报酬，公司不得克扣或无故拖欠员工工资。
法律建议：
- 公司角度：公司在进行工资管理时，应确保操作合法合规，避免通过区分入项和出项来逃避税收或侵犯员工权益。公司应建立健全的财务管理制度，确保工资的准确记录和及时支付。
- 员工角度：如果员工发现公司存在通过区分工资入项和出项来克扣或拖欠工资的情况，应及时向公司提出异议，并保留相关证据。如果公司不予理会或解决，员工可以向劳动监察部门投诉或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。
可能后果：
- 如果公司因区分工资入项和出项而逃避税收，将面临税务部门的处罚，包括补缴税款、滞纳金和罚款等。
- 如果公司因区分工资入项和出项而克扣或拖欠员工工资，将面临劳动监察部门的处罚，包括责令支付工资、经济补偿和赔偿金等。同时，公司还可能因侵犯员工权益而面临法律诉讼和声誉损失。
综上所述，公司区分员工工资入项和出项本身并不违法，但需确保操作合法合规，避免逃避税收或侵犯员工权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。