公司有出入款但没有发放工资是不合法的。以下从不同角度为你详细分析：
法律角度
根据《中华人民共和国劳动法》第五十条的规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着，公司有义务按时足额支付员工的工资，无论公司是否有出入款或其他财务状况，都不能成为拖欠工资的理由。如果公司确实存在资金困难等特殊情况，也应与员工协商并达成一致，而不能单方面决定不发放工资。
实际操作与后果角度
员工权益受损：工资是员工劳动的直接回报，是员工及其家庭生活的重要来源。公司不发放工资会直接影响员工的生活质量和经济状况，甚至可能导致员工无法维持基本生活。
法律责任：如果公司拖欠工资，员工有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，要求公司支付拖欠的工资及可能的赔偿金。在极端情况下，如果公司长期拖欠工资且数额较大，还可能构成拒不支付劳动报酬罪，公司负责人可能面临刑事处罚。
公司信誉与形象：拖欠工资不仅会影响员工对公司的信任和忠诚度，还可能对公司的声誉和形象造成负面影响。在竞争激烈的市场环境中，良好的信誉和形象是公司长期发展的重要基础。
建议与行动
与公司沟通：如果公司确实存在资金困难等特殊情况，建议员工首先与公司进行沟通，了解公司的实际情况和支付工资的计划。在沟通过程中，员工可以要求公司出具书面说明或承诺，以保障自己的权益。
寻求法律援助：如果公司拒绝支付工资或无法达成一致，员工可以向当地的劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。在提起仲裁或诉讼前，建议员工咨询专业律师，了解自己的权益和可能的法律后果。
保留证据：在处理此类纠纷时，员工应保留好与公司的劳动合同、工资条、考勤记录等相关证据，以便在需要时提供证明。
综上所述，公司有出入款但没有发放工资是不合法的。员工应了解自己的权益和可能的法律后果，并在必要时采取行动维护自己的合法权益。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。