您好，关于您提出的“港澳通行证被事业单位保管是否合法”的问题，这主要涉及到个人证件的保管权与事业单位的管理权限之间的界限。

首先，我们需要明确的是，港澳通行证是个人重要的出入境证件，它记录了个人的出入境信息，是个人身份和出入境资格的重要证明。根据相关法律法规，个人证件应当由个人自行保管，以确保其安全性和有效性。

接下来，我们分析事业单位保管个人港澳通行证的情况。一般来说，事业单位并没有法律赋予的保管个人证件的权力。除非在特定情况下，如员工因工作需要频繁出入港澳，且单位为了方便管理和确保证件安全，与员工达成协议并明确保管责任和归还条件，这种情况下单位可以暂时保管。但即便如此，也应当尊重员工的意愿，并确保在员工需要时能够及时归还。

然而，在大多数情况下，事业单位无权强制保管员工的港澳通行证。如果单位未经员工同意擅自保管或扣留其证件，这可能构成对员工个人权益的侵犯，员工有权向相关部门投诉或寻求法律援助。

因此，港澳通行证被事业单位保管是否合法，取决于单位保管证件的具体情况和员工的意愿。如果单位未经员工同意擅自保管或扣留证件，这是不合法的；如果单位与员工达成协议并明确保管责任和归还条件，且员工同意，那么这种保管行为可能是合法的，但应当确保员工的权益不受损害。

最后，我建议您如果遇到类似情况，首先与单位沟通协商，明确保管责任和归还条件。如果无法达成一致或单位存在违法行为，您可以向当地公安机关出入境管理部门或劳动监察部门投诉，以维护自己的合法权益。希望这个解答能够对您有所帮助。