结论：员工违法排水，公司是否承担责任需视具体情况而定。若公司能证明已尽到监管职责且未参与违法行为，则可能免责；但若存在管理漏洞、默许或明知故犯等情况，公司将承担相应责任。以下是对此问题的详细分析：
民事责任方面
环境污染侵权责任：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一千一百九十一条，用人单位的工作人员因执行工作任务（如违法排污）造成他人损害的，由用人单位承担侵权责任。例如，若员工违规排放有毒废水导致周边养殖户损失，公司需承担赔偿责任。当然，公司承担侵权责任后，可以向有故意或者重大过失的工作人员追偿。
- 在劳务派遣期间，被派遣的工作人员因执行工作任务造成他人损害的，由接受劳务派遣的用工单位承担侵权责任；劳务派遣单位有过错的，承担相应的责任。
生态环境损害赔偿责任：
- 公司作为雇主和排污行为的监管者，若员工违法排污造成生态环境损害，公司通常需承担修复费用等赔偿责任。例如，造纸厂员工偷排污水破坏河流生态系统，公司需承担相应的修复和赔偿责任。
行政责任方面
公司监管不力责任：
- 若公司环保设施管理不善、未对员工进行有效环保培训，导致员工违法排污，公司将面临行政处罚，如罚款、责令停产整顿等。这基于《中华人民共和国环境保护法》等相关法律法规。
单位违法责任认定：
- 若员工的违法排污行为被视为公司意志的体现（如管理层授意），则公司将被直接认定为违法主体并承担行政责任，包括罚款、吊销排污许可证等。
刑事责任方面
单位犯罪情形：
- 在严重违法排污案件中，若符合单位犯罪的构成要件，公司将承担刑事责任。例如，公司为谋取非法利益组织员工长期违法排污，可能构成污染环境罪，将面临罚金处罚，同时相关责任人也会被追究刑事责任。
员工个人犯罪时公司责任：
- 即使员工的违法排污行为被认定为个人犯罪，若公司在员工选任、管理等方面存在过错（如安排无资质员工负责关键环保岗位），公司的过错可能会影响刑事责任的认定和量刑。
综合建议
- 公司免责情况：若公司能证明已建立完善的环保制度、进行了有效监管，且对员工的违法排污行为毫不知情也未参与，则可能免于承担责任。但公司仍需立即制止违法行为并报告相关部门。
- 公司担责情况：若公司存在管理漏洞、默许或明知员工违法排污而不制止，或将违法排污视为公司行为，公司将承担相应的法律责任，包括民事赔偿、行政处罚甚至刑事责任。
因此，为避免或减少此类风险，公司应加强内部管理和环保合规建设，确保员工遵守相关法律法规，同时建立完善的环保制度和监管机制。只有这样，才能在员工违法排污时最大限度地减轻公司的法律责任风险。若您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。