在综合工时制下，员工在法定节假日工作的，三倍工资是单独计算并包含在综合工时制的薪酬体系之外的，即法定节假日的三倍工资并不算入综合工时的常规工时内。以下是详细解释：
一、综合工时制的基本概念
综合计算工时工作制是一种特殊的工时制度，它允许以周、月、季、年为周期综合计算工作时间。这种制度适用于因工作性质特殊或受自然条件限制而需连续作业的行业。在综合工时制下，某一具体日（或周）的实际工作时间可以超过标准工作时间，但周期内总工作时间不得超过法定标准。
二、法定节假日三倍工资的法律依据
根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，法定休假日安排劳动者工作的，用人单位应支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。这是计算法定节假日三倍工资的法律基础，也是保障员工在法定节假日工作权益的重要依据。
三、三倍工资的具体计算方法
确定日工资标准：
- 日工资的计算公式为：日工资 = 月工资收入 ÷ 月计薪天数。
- 月计薪天数通常为21.75天，这是依据原劳动和社会保障部《关于职工全年月平均工作时间和工资折算问题的通知》确定的。
计算法定节假日加班工资：
- 法定节假日加班工资的计算公式为：法定节假日加班工资 = 日工资 × 300% × 法定节假日加班天数。
- 例如，员工小张月工资为6000元，在法定节假日加班1天，则其加班工资为：6000 ÷ 21.75 × 300% × 1 = 827.58元。
四、特殊情况与处理
综合计算周期内工时未超标准：
- 即使综合计算周期内总工时未超标，法定节假日加班仍需按300%支付加班工资。这是因为法定节假日是员工的休息日，用人单位安排员工在法定节假日工作，必须支付额外的加班工资作为补偿。
综合计算周期内工时超过标准：
- 对于超过法定标准工作时间的部分，应按不低于小时工资的150%支付加班工资。这部分加班工资与法定节假日的三倍工资是分开计算的，不能混淆。
五、实际操作中的注意事项
地区与行业差异：
- 具体计算方式可能因地区、行业及企业规定而有所不同。因此，在计算法定节假日三倍工资时，建议参考当地劳动法规和企业规章制度，以确保计算的准确性和合法性。
记录与证明：
- 用人单位应准确记录员工的加班时间，并提供相应的加班证明。这是确保加班工资合法支付的重要依据，也是避免劳动纠纷的关键措施。
员工权益保护：
- 员工在法定节假日工作后，有权要求用人单位支付三倍工资。如果用人单位拒绝支付或支付不足，员工可以向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
综上所述，综合工时制下法定节假日的三倍工资是单独计算并包含在薪酬体系之外的。用人单位应严格遵守相关法律法规，确保加班工资的准确计算与及时支付，以保障员工的合法权益。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。