综合计算工时制下，一般不存在单纯因“休息日”工作就支付2倍工资的情况，但法定节假日工作需支付3倍工资，延长工作时间则支付1.5倍工资。以下是对这一问题的详细解析：

一、综合计算工时制概述

综合计算工时工作制是一种特殊的工作时间安排制度，它适用于因工作性质特殊或受自然条件限制，需连续作业且难以按照标准工作时间进行工作的岗位。这种制度以周、月、季、年为周期综合计算工作时间，某一具体日（或周）的实际工作时间可以超过8小时（或40小时），但综合计算周期内的总实际工作时间不应超过总法定标准工作时间。

二、加班费计算原则

1. 延长工作时间加班：

   • 在综合计算周期内，如果劳动者的总实际工作时间超过总法定标准工作时间，那么超出的部分应被视为延长工作时间。根据相关规定，这部分时间应按照不低于劳动者本人小时工资标准的150%支付加班费。
   • 计算公式：加班费 = 超出工作时间 × 小时工资标准 × 150%

2. 法定节假日加班：

   • 无论采用何种工时制度，法定节假日安排劳动者工作的，都应按照不低于劳动合同规定的劳动者本人日或小时工资标准的300%支付加班费。
   • 计算公式：加班费 = 法定节假日工作时间 × 日或小时工资标准 × 300%

三、关于“休息日”加班的特殊说明

• 在综合工时制下，不存在像标准工时制那样单纯因为是“休息日”上班就支付2倍加班费的情况。因为综合工时制已经对工作时间进行了周期性综合计算，不再严格区分工作日和休息日。
• 特殊情况：部分地区可能有特别规定。例如，上海市规定，在综合计算周期内，如果劳动者的实际工作时间总数未超过该周期的法定标准工作时间总数，只是某一具体日（或周、月、季）超过法定标准工作时间，其超过部分不应视为延长工作时间；但若综合计算周期内工作时间超过法定标准工作时间，则超过部分按1.5倍支付加班费。

四、综合考虑因素

• 除了上述一般原则外，还需考虑地区性法规、行业规定以及劳动合同中的特定约定。这些都可能对综合工时制下的加班费计算产生影响。
• 如果劳动合同中有明确的加班费计算方式，且该方式不违反法律法规的强制性规定，则应优先按照劳动合同的约定执行。

五、建议与提醒

• 了解地区规定：由于不同地区对综合工时制下的加班费计算可能有特别规定，因此建议劳动者在了解一般原则的同时，也关注当地的具体规定。
• 保留证据：劳动者应保留好与加班相关的证据，如加班通知、考勤记录等，以便在需要时维护自己的合法权益。
• 及时咨询：如果劳动者对综合工时制下的加班费计算有疑问或遇到纠纷，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见。

综上所述，综合计算工时制下的加班费计算并非简单的一概而论，而是需要根据具体的工作情况、法律法规以及劳动合同中的约定来确定。希望以上解析能对你有所帮助。