结论：法定节假日支付了三倍工资后，该时间是否计入综合年工时，需根据综合计算工时制下具体的工作时间安排和计算方式来确定，一般情况下，法定节假日的工作时间不计入综合年工时，但需确保三倍工资的支付符合法律规定。以下是对此问题的详细分析：
一、综合计算工时制的基本概念
综合计算工时制是针对因工作性质特殊，需连续作业或受季节及自然条件限制的企业的部分职工，采用的以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间的一种工时制度。其平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。
二、法定节假日的工作时间处理
法定节假日的性质：法定节假日是劳动者依法享受的休息休假时间，用人单位在法定节假日安排劳动者工作的，需支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
工作时间计算：在综合计算工时制下，法定节假日的工作时间通常不计入综合计算周期内的总工作时间。这是因为法定节假日是劳动者依法应享受的休息时间，不应被纳入工时计算范畴。然而，具体是否计入，还需根据企业与劳动者之间的劳动合同、集体合同或规章制度中的具体规定来确定。若合同或规章制度中明确规定法定节假日的工作时间不计入综合工时，则遵循该规定；若未明确规定，则一般理解为不计入。
三倍工资的支付：无论法定节假日的工作时间是否计入综合工时，用人单位在法定节假日安排劳动者工作的，都必须按照法律规定支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。这是法律的强制性规定，用人单位必须遵守。
三、实际操作中的注意事项
合同与规章制度：企业应与劳动者在劳动合同或集体合同中明确约定综合计算工时制下的工作时间计算方式，包括法定节假日的工作时间是否计入综合工时。同时，企业也应制定完善的规章制度，确保工时计算的透明度和公正性。
工资支付记录：企业应妥善保存工资支付记录，包括法定节假日的工资支付情况。这有助于在发生劳动纠纷时，提供有力的证据支持企业的主张。
劳动者权益保护：劳动者在遇到用人单位在法定节假日安排工作但未支付三倍工资或未正确计算综合工时的情况时，应及时向用人单位提出异议，并保留相关证据。若用人单位拒不改正，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
建议：如果您在综合计算工时制下遇到法定节假日工资支付或工时计算的问题，建议首先查阅您与用人单位之间的劳动合同或集体合同，以及企业的规章制度，了解具体规定。如有疑问或发现用人单位存在违法行为，可直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议。