员工还清借款后，有权要求单位返还原始借据，但需结合单位内部财务制度及双方约定综合判断。以下从不同角度展开分析：

1. 从法律关系本质分析
   借款行为属于民事法律关系，原始借据是证明双方债权债务关系的直接证据。根据《民法典》第六百七十五条，借款人还清借款后，债权债务关系终止，出借人（单位）负有返还借款凭证的附随义务。若单位拒绝返还，员工可主张其侵犯物权（借据作为书面凭证的物权属性），要求单位返还或销毁。

2. 从单位财务制度角度分析
   若单位内部财务制度明确规定“借款还清后需收回原始借据作为账务核销依据”，且该制度已向员工公示或员工签字确认，则单位有权留存借据复印件作为财务档案，但应向员工出具加盖公章的《借款结清证明》，明确双方债权债务已清零。此时员工虽不能直接取回原始借据，但可通过结清证明维护自身权益。

3. 从证据留存风险角度分析
   若单位以“防止未来纠纷”为由拒绝返还借据，员工可要求单位在借据复印件上注明“原件已收回，此复印件仅作财务留存”并加盖公章，或通过书面协议约定“借款还清后原始借据自动失效”。此举可避免单位未来以原始借据主张未还款或重复索债的风险。

实务建议：

• 员工还款时，应要求单位出具书面《借款结清证明》，并留存转账记录、沟通记录等辅助证据；
  
• 若单位坚持留存原始借据，可要求在借据上标注“已还清”并由单位负责人签字确认；
  
• 若发生纠纷，员工可凭结清证明、转账记录等证据，通过劳动仲裁或民事诉讼主张权利。
  

如有具体案例细节（如借据条款、单位制度内容等），可进一步向我提供，我将结合证据规则为您分析风险点。