结论前置：员工借款的原件在借款归还后，一般建议归还给员工或进行妥善处理，以确保双方权益清晰无争议。具体处理方式可根据实际情况选择，包括直接归还员工、当面销毁或留存归档但标记已还清。

详细分析：

在处理员工归还借款的借条原件时，我们需要考虑的是如何确保借贷双方的权益得到明确保障，并避免未来可能出现的法律纠纷。以下是几种常见的处理方式及其法律背景和建议：

1. 直接归还员工：

   • 法律背景：借条作为借贷关系的书面凭证，一旦借款归还，其法律效力即告终止。将借条原件归还给员工，是一种明确表示借贷关系已结束的方式。
   • 建议：如果员工要求归还借条原件，且公司财务制度允许，可以直接将借条归还给员工。这有助于消除员工的顾虑，并明确双方的权利义务关系。

2. 当面销毁：

   • 法律背景：销毁借条原件同样是一种表明借贷关系已结束的方式。在员工在场的情况下销毁借条，可以确保双方对借款已归还的事实无争议。
   • 建议：如果公司财务制度允许，且员工同意，可以在员工在场的情况下将借条销毁（如撕毁、粉碎）。这有助于避免借条原件被不当使用或产生后续纠纷。

3. 留存归档但标记已还清：

   • 法律背景：在某些情况下，公司可能需要保留借条原件作为财务档案或审计依据。此时，可以在借条上显著标记“已还清”字样及还款日期，然后作为财务档案留存。
   • 建议：如果公司选择留存借条原件，应确保在借条上明确标注借款已偿还的状态，并注明还款日期。同时，公司财务账目中也应注明借款已收回及具体还款日期，以确保财务数据准确清晰。

附加建议：

• 制作复印件或电子记录：即使原始借条被归还或销毁，也建议双方在还款时制作一份借条的复印件或电子记录作为备份。这有助于在未来出现纠纷时提供证据支持。
• 清晰财务记录：公司应确保财务账目中借款和还款的记录准确无误，以便在需要时进行查询和审计。
• 书面协议与沟通确认：在借贷过程中，应尽量使用书面协议明确约定借款金额、还款期限等条款。在处理借条时，也应进行明确的沟通和确认，以保障双方权益。

可能法律后果：

如果借条原件未得到妥善处理，可能会导致未来出现法律纠纷。例如，如果借条原件被不当使用或遗失，可能会引发关于借款是否已归还的争议。因此，建议公司在处理员工归还借款的借条时，务必谨慎对待，确保双方权益得到明确保障。

综上所述，处理员工归还借款的借条原件时，应综合考虑多种方式，并结合公司财务管理规范和实际情况做出最佳选择。无论采取哪种方式，都应确保借贷双方的权益得到明确保障，避免未来可能出现的法律纠纷。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。