结论：公司发放工资让员工签清算单是否合法，不能一概而论，需根据清算单的具体内容、签署目的及是否违反法律法规的强制性规定等因素综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、清算单内容合法且自愿签署的情况
内容合法：如果清算单的内容仅是对员工应得工资、奖金、津贴等劳动报酬的确认，且数额准确无误，同时不包含任何违法或显失公平的条款（如要求员工放弃追索加班费、经济补偿金等合法权益），那么这样的清算单在法律上是有效的。
自愿签署：员工在充分了解清算单内容并自愿签署的情况下，该清算单即具有法律效力。这体现了民事法律行为中的意思自治原则，即双方当事人在平等、自愿的基础上达成合意，法律应予以保护。
二、清算单内容违法或非自愿签署的情况
内容违法：如果清算单中包含违法条款，如要求员工放弃追索未支付的加班费、未休年假工资等，或者清算单中的工资数额低于员工实际应得数额，那么这样的清算单是违法的，员工有权拒绝签署，并可以通过法律途径维护自己的合法权益。
非自愿签署：如果员工是在被胁迫、欺诈或重大误解的情况下签署清算单，那么该清算单并非员工真实意思的表示，根据《民法典》的相关规定，受胁迫、欺诈或重大误解的民事法律行为，受损害方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。
三、特殊情形下的法律后果
公司以此逃避法律责任：如果公司试图通过让员工签署清算单来逃避支付加班费、经济补偿金等法律责任，这种行为是违法的。员工在签署后仍有权通过法律途径追索相关权益，且公司可能面临劳动行政部门的处罚。
清算单作为证据：在劳动争议仲裁或诉讼中，清算单可以作为证据使用。但如果清算单内容违法或非自愿签署，其证明力将受到质疑，甚至可能不被采纳。
四、建议
员工角度：在签署清算单前，员工应仔细阅读清算单内容，确保自己的合法权益不受侵害。如有疑问或发现违法条款，应及时向公司提出并拒绝签署。必要时，可以寻求法律援助或咨询专业律师。
公司角度：公司应确保清算单内容合法、准确，并尊重员工的自愿签署原则。避免通过不正当手段迫使员工签署清算单，以免引发法律纠纷和声誉损失。
总结：公司发放工资让员工签清算单是否合法，需根据具体情况判断。员工在签署前应仔细阅读并理解清算单内容，确保自己的合法权益不受侵害；公司则应确保清算单的合法性和自愿性，以维护良好的劳动关系和公司形象。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。