结论：老板在货物不合格且已自行拉走的情况下，事后说不合格扣钱是否合理，需根据具体情况判断，主要看双方合同约定以及老板拉走货物时的具体行为和态度。以下从不同角度进行分析：
一、合同约定角度
合同中有明确约定：
- 如果货物买卖合同中明确约定了货物质量标准、验收程序以及不合格货物的处理方式（如扣款、退货、换货等），那么老板在货物不合格且已自行拉走的情况下，事后按照合同约定说不合格扣钱，是合理的。因为合同是双方意思表示一致的产物，具有法律约束力，双方都应按照合同约定履行义务。
合同中没有明确约定：
- 如果合同中没有明确约定不合格货物的处理方式，那么老板事后说不合格扣钱就缺乏明确的合同依据。此时，老板的行为是否合理，就需要根据其他因素来判断，如行业惯例、双方交易习惯等。
二、老板拉走货物时的行为和态度角度
老板拉走货物时明确表示接受货物并扣款：
- 如果老板在拉走货物时，已经明确表示接受货物但因质量问题要扣款，并且这一行为得到了你的认可或默认，那么老板事后扣款可以视为双方对不合格货物处理方式的一种协商一致，是合理的。
老板拉走货物时未提及扣款，事后突然提出：
- 如果老板在拉走货物时并未提及扣款事宜，而是在事后突然提出要扣款，且没有合理的解释或依据，那么这种行为可能构成违约或不当得利。因为老板在拉走货物时，已经以自己的行为表明接受了货物（尽管货物不合格），事后又无正当理由要求扣款，缺乏法律依据和合同依据。
三、法律建议
审查合同条款：
- 首先，建议你仔细审查货物买卖合同中的相关条款，特别是关于货物质量标准、验收程序以及不合格货物处理方式的约定。如果合同中有明确约定，且老板的行为符合合同约定，那么你可能需要接受扣款的事实。
与老板协商：
- 如果合同中没有明确约定或老板的行为缺乏合同依据，你可以尝试与老板进行协商，寻求一个双方都能接受的解决方案。例如，你可以提出退货、换货或部分扣款等方案，与老板进行沟通。
寻求法律救济：
- 如果协商无果，且你认为老板的行为构成违约或不当得利，你可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。例如，你可以向法院提起诉讼，要求老板返还多扣的款项或赔偿因违约造成的损失。
在处理此类纠纷时，建议你保留好相关证据，如货物买卖合同、货物质量检验报告、老板拉走货物的凭证等，以便在需要时提供证明。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。