针对员工因不公自离的情况，用人单位在处理时需要遵循相关法律法规，并结合企业内部规章制度来操作。以下是一些详细的处理建议：
一、法律层面的处理
依据规章制度行使行政处分权：
- 如果员工自离被视为旷工，企业可以依据内部规章制度对其进行相应的行政处分，如警告、记过等。
单方解除劳动合同：
- 若员工自离行为严重违反了企业的规章制度，企业有权根据相关法律法规及内部规定，单方面解除与该员工的劳动合同。
要求赔偿损失：
- 如果员工自离给企业造成了实际损失，如项目中断、客户流失等，企业有权要求员工承担相应的赔偿责任。这通常需要企业能够提供充分的证据来证明损失的存在及与员工自离行为的直接关联。
违约金求偿权：
- 对于违反保密义务、竞业限制或签订专项培训协议约定服务期的离职人员，如果协议中明确规定了违约金条款，企业有权要求员工支付违约金。
二、实际操作中的建议
及时沟通与了解原因：
- 在员工自离后，企业应尽快与员工取得联系，了解其自离的具体原因。这有助于企业判断员工的行为是否构成违法解除劳动合同，以及是否需要采取进一步的法律措施。
完善离职手续：
- 无论员工自离的原因如何，企业都应要求员工完成离职手续，包括工作交接、归还公司财物等。这有助于确保企业运营的连续性和资产的安全。
保留证据：
- 企业应妥善保留与员工自离相关的所有证据，如考勤记录、工作交接单、沟通记录等。这些证据在后续的法律纠纷中可能起到关键作用。
考虑经济补偿问题：
- 如果员工自离是因为企业存在违法行为（如未按时支付工资、未提供劳动保护等），员工有权要求经济补偿。在这种情况下，企业应认真审视自身行为，必要时与员工协商解决，以避免法律纠纷。
加强内部管理：
- 员工自离事件往往暴露出企业内部管理存在的问题。因此，企业应借此机会加强内部管理，完善规章制度，提高员工满意度和忠诚度，从而减少类似事件的发生。
三、特殊情况处理
- 如果员工自离是因为受到不公正待遇或存在其他合理诉求，企业应积极与员工沟通，寻求解决方案。在必要时，可以考虑提供一定的补偿或调整工作岗位等，以化解矛盾，维护企业形象和员工关系。
综上所述，处理员工因不公自离的情况需要企业综合考虑法律、实际操作和特殊情况等多个方面。企业应遵循相关法律法规，结合内部规章制度，采取合理、合法的措施来维护自身权益和员工关系。