当遇到员工擅自旷工离职的情况时，公司需要依法依规、公平公正地处理，以确保公司的合法权益，同时保障员工的合法权益不受侵害。以下是一套详细的处理步骤和建议：
一、核实情况与内部沟通
了解背景：
- 首先，与该员工所在部门的主管和同事进行沟通，了解员工近期的工作表现、是否有异常情况，以及是否提及过离职意向。
- 尝试通过多种方式（电话、短信、微信、电子邮件等）联系员工，询问其未出勤的原因，并告知擅自离职的严重性和可能的影响。
查阅规章制度：
- 查阅公司的员工手册或相关规章制度，明确对旷工、擅自离职等行为的具体规定和相应的处罚措施。
二、发送书面通知
准备通知：
- 若无法联系到员工或其无合理理由擅自离职，公司应准备书面通知，如《解除劳动合同通知书》或《违纪处理决定书》。
- 通知中应明确指出员工的旷工事实、违反的公司规定条款、公司的解除决定及生效日期。
送达通知：
- 通知应采用挂号信、EMS等可追溯的方式寄送至员工登记的通讯地址，并在快递单上注明文件名称和主要内容。
- 保留好寄送凭证，以备后续可能的法律纠纷。
三、工作交接与安排
安排交接：
- 若员工愿意回来办理离职手续，应安排相关人员与其进行工作交接，确保工作的连续性和资料的完整性。
- 填写工作交接清单，并由双方签字确认，作为后续可能的纠纷处理依据。
临时接管：
- 若员工不回来办理离职手续，公司应安排其他员工暂时接管其工作，确保公司业务正常运转。
- 对重要事务、文件资料等进行梳理和交接，避免因员工离职导致的工作中断或资料丢失。
四、后续处理与法律风险防范
解除劳动合同与停缴社保：
- 根据公司规章制度和法律法规，对员工进行除名处理，并停发工资、停止缴纳社保等。
- 向员工出具解除劳动合同的证明，并在十五日内为其办理档案和社会保险关系转移手续。
追究经济损失：
- 若因员工擅自离职给公司造成经济损失（如未完成工作导致的损失、紧急招用新员工产生的费用等），公司可依法要求其承担赔偿责任。
- 赔偿方式和金额应根据实际情况和劳动合同约定确定，且每月扣除部分不得超过员工当月工资的20%。
证据留存与法律风险防范：
- 收集并保留相关证据，如考勤记录、沟通记录、通知送达凭证、工资结算明细等，以应对可能的劳动纠纷。
- 严格遵守《中华人民共和国劳动法》《中华人民共和国劳动合同法》等法律法规，确保处理决定和操作流程合法合规。
五、预防措施与长期管理
规范制度与加强培训：
- 制定规范的企业人力资源规章制度，明确擅自离职的处理流程和后果。
- 在员工入职时，明确告知公司规章制度和劳动合同约定，并要求员工签署相关文件。
增强员工归属感：
- 通过加强员工沟通、提高福利待遇、建立激励机制等方式，增强员工的归属感和忠诚度，降低擅自离职风险。
经验总结与舆情管理：
- 对擅自离职事件进行复盘，分析管理上的不足，总结经验教训以预防类似情况再次发生。
- 注意内部管理信息的传播和引导，避免不必要的恐慌和猜测。若涉及对外业务，及时与合作伙伴沟通解释，维护企业形象。
综上所述，处理员工擅自旷工离职问题需要公司依法依规、公平公正地进行，同时采取预防措施降低擅自离职的风险，维护公司的稳定运营。