针对“员工旷职如何处理”这一问题，特别是当涉及到孕期女职工时，我们需要结合相关法律法规和实际案例来给出详细且深入的解答。
首先，要明确的是，旷职（或旷工）通常指的是员工未经许可，在正常工作时间内未到岗工作的行为。对于一般员工，如果旷工行为严重违反了公司的规章制度，公司有权依据相关法律法规和劳动合同中的约定，采取相应的纪律处分措施，包括但不限于警告、罚款、解除劳动合同等。
然而，当涉及到孕期女职工时，情况就变得相对复杂了。根据《中华人民共和国劳动合同法》以及《女职工劳动保护特别规定》等相关法律法规，孕期女职工享有特殊的法律保护。具体来说：
产检时间不计入旷工：怀孕女职工在劳动时间内进行产前检查，所需时间应计入劳动时间，不能算作旷工，更不能因此扣发工资。这是法律对孕期女职工的明确保护。
不得以旷工为由违法解除劳动合同：除非孕期女职工的旷工行为达到“严重违反用人单位规章制度”的程度，否则用人单位不得以旷工为由单方面解除劳动合同。在判断旷工行为是否“严重”时，应采取严格审查态度，核心判断标准为考量女职工未到岗是“滥用权利”还是“生理客观需要所迫”。
特殊情况下的处理：如果孕期女职工因身体原因确实无法到岗工作，且能提供相应的医疗证明，那么公司应给予理解和支持，并安排适当的工作或休息。在这种情况下，如果公司仍然以旷工为由解除劳动合同，很可能被认定为违法解除，需要支付经济赔偿金。
实际案例参考：
有一个案例中，深圳某科技公司以“旷工”为由解雇了一名怀孕女工，理由是她在工作时间内去医院产检没有履行请假手续。但仲裁委审理后认为，根据《女职工劳动保护特别规定》，怀孕女职工在劳动时间内进行产前检查所需时间应计入劳动时间。最终，公司被认定违法解除劳动合同，不仅要补发工资，还要支付赔偿金。
另一个案例中，小甲因孕期身体原因多次未及时到岗，公司以其旷工为由单方面解除劳动合同。但法院经审理认为，小甲的旷工行为并非恶意对抗公司管理，且在事后及时向公司进行解释说明，未给公司造成严重损失，不属于严重违反用人单位规章制度的情形。因此，法院认定公司违法解除劳动合同，应支付经济赔偿金。
建议处理流程：
核实情况：首先，公司应核实员工的旷工情况，了解具体原因和背景。
沟通解释：如果员工是因孕期身体原因或产检等合法原因未到岗，公司应给予理解和支持，并要求员工提供相应的医疗证明。
依据规章制度处理：如果员工的旷工行为确实违反了公司的规章制度，且不属于法律保护的特殊情况，公司可以依据规章制度采取相应的纪律处分措施。但在此过程中，应确保程序的合法性和公正性。
寻求法律咨询：在处理涉及孕期女职工的旷工问题时，公司最好寻求专业的法律咨询，以确保处理方式的合法性和合规性。
综上所述，处理员工旷职问题需要谨慎对待，特别是当涉及到孕期女职工时。公司应充分了解相关法律法规和特殊保护政策，确保处理方式的合法性和合规性，以维护员工的合法权益和公司的正常运营秩序。