当公司否认劳动关系而声称是合作关系时，劳动者并非无计可施，可以通过以下途径来维护自己的合法权益：

1. 收集并保留相关证据：

   • 劳动合同：如果与公司签订了劳动合同，这是最直接且有力的证据，务必妥善保管。
   • 工资支付凭证：如银行工资流水明细、工资条等，这些记录能显示公司定期向劳动者支付工资的情况。
   • 工作证件：带有公司名称、劳动者照片、职务等信息的工作证、服务证等，也是证明劳动关系的重要证据。
   • 考勤记录：打卡记录、指纹考勤记录等，能证明劳动者在公司的出勤情况。
   • 社保缴纳记录：社保部门出具的社保缴纳明细，显示公司为劳动者缴纳社会保险的情况，是证明劳动关系的又一有力证据。
   • 其他劳动者的证言：同事的证人证言，如果可能的话，最好能有出庭作证以增强证明力。
   • 工作相关文件：公司内部的工作安排文件、任务分配邮件、业务合同等，这些文件能体现劳动者参与工作的具体内容。

2. 向劳动监察部门投诉：

   • 劳动者可以携带收集到的证据材料，向当地劳动监察部门投诉。劳动监察部门有权对公司进行调查，要求公司提供相关资料，核实双方是否存在劳动关系。
   • 如果确认存在劳动关系，劳动监察部门可以责令公司改正其不承认劳动关系的错误行为，并依法对公司进行处罚。

3. 申请劳动仲裁：

   • 提出申请：劳动者可以向劳动争议仲裁委员会提交仲裁申请书和相关证据材料，要求确认与公司存在劳动关系。仲裁申请书需详细写明双方的基本信息、仲裁请求、事实和理由等内容。
   • 仲裁受理与审理：仲裁委员会受理后，会根据双方提供的证据和陈述进行审理。劳动者需要充分阐述自己的主张，展示证据的证明力。若公司没有合理的反驳证据，仲裁委员会一般会作出是否存在劳动关系的裁决。
   • 执行裁决：如果仲裁裁决确认双方存在劳动关系，而公司仍然不履行相关义务，劳动者可以向法院申请强制执行。

4. 提起诉讼：

   • 如果劳动者对劳动仲裁结果不满意，或者公司对仲裁结果不服向法院起诉，案件将进入诉讼程序。
   • 在法院审理过程中，双方可以进一步提交证据、进行辩论。法院会依据更严格的证据规则和法律规定，对劳动关系是否存在作出最终的判决。

5. 寻求法律援助：

   • 在整个维权过程中，劳动者可以寻求我的帮助，以确保自己的权益得到充分保护。我可以提供专业的法律意见，帮助劳动者进行证据的收集、整理和筛选，确保证据链条完整有效，并指导劳动者更好地理解和应对法律程序。

6. 注意时效问题：

   • 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的规定，劳动仲裁的时效为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。
   • 因此，劳动者在维权过程中务必注意时效问题，及时采取行动以维护自己的合法权益。

法律背景与建议：

• 在劳动关系与合作关系上，主要区别在于劳动者是否接受公司的管理、是否从事公司安排的工作、是否由公司支付工资等。如果劳动者实际上接受了公司的管理，从事了公司安排的工作，并由公司支付工资，那么即使公司声称是合作关系，也难以否认劳动关系的存在。
• 在收集证据时，劳动者应尽可能全面地收集各类证据，以形成完整的证据链条。同时，要注意证据的合法性和真实性，避免使用非法手段获取证据。
• 如果劳动者对法律程序不熟悉或感到困惑，可以及时向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议和帮助。

可能法律后果：

• 如果劳动者能够成功证明劳动关系的存在，公司可能需要承担支付工资、经济补偿金、赔偿金等法律责任。
• 如果公司拒不履行相关义务，劳动者可以向法院申请强制执行，法院有权对公司采取查封、扣押、拍卖等强制措施以保障劳动者的合法权益。

综上所述，当公司否认劳动关系而声称是合作关系时，劳动者应通过收集证据、向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁、提起诉讼以及寻求法律援助等途径来维护自己的合法权益。同时，也应注意时效问题，确保在法律规定的期限内采取行动。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。