公司因员工休息不参加培训而扣工资的行为不一定合法，需分情况讨论：

1. 合法情形

   • 合同约定或制度规定明确：如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了员工有义务参加特定培训，且不参加将扣除相应工资，同时这些条款符合法律法规要求，经过了民主程序制定并向员工公示过，那么公司扣工资是合法的。例如，某公司在劳动合同中补充规定，员工必须参加公司组织的专业技能培训，无故不参加者每次扣除当月绩效工资的10%，且公司规章制度也对此有明确说明，并组织员工学习签字确认。在这种情况下，员工无故不参加培训，公司按规扣工资是合法的。
   • 培训具有特殊性和必要性：当培训是为了使员工胜任特定工作任务，或满足法律法规、行业标准的强制要求时，员工有义务参加。若员工拒绝参加这类必要培训，公司可根据合理标准扣除一定工资。比如，建筑公司按国家规定组织员工进行安全生产培训，这是取得施工资质和保障施工安全的必要条件。员工无故不参加，公司可依据内部合理规定扣除部分工资作为惩戒。

2. 不合法情形

   • 无约定或规定擅自扣款：若公司未事先通过劳动合同、规章制度等形式告知员工不参加培训会扣工资，就单方面扣除员工工资，这种行为是不合法的。例如，一家公司突然通知员工参加培训，未说明不参加的后果，之后却以员工未参加为由扣除工资。这种情况下，公司扣款行为缺乏法律依据，员工有权要求返还被扣除的工资。
   • 培训不合理或非必要：如果培训内容与公司业务无关，或培训安排在员工正常休息时间且未给予相应补偿，员工拒绝参加，公司以此扣工资也是不合理的。比如，一家餐饮公司要求员工在非工作时间参加与餐饮业务无关的金融投资培训，员工拒绝后公司扣发工资。这种培训对员工工作无实际帮助，且占用了员工私人时间，公司扣款行为不合法。

员工应对措施：

• 与公司沟通协商：员工可先尝试与公司人力资源部门或直接上级沟通，了解扣款原因和依据。通过友好协商，表达自己对培训的看法和困难，寻求双方都能接受的解决方案。例如，员工可向公司说明当时确实有特殊情况无法参加培训，如家庭突发状况等，请求公司取消扣款或安排补训。
• 申请劳动仲裁：如果与公司沟通无果，员工认为自己的合法权益受到侵害，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。在申请仲裁时，需要提供相关证据，如劳动合同、工资条、培训通知、与公司沟通的记录等，以支持自己的主张。比如，员工可以提供证据证明公司扣款没有合法依据，或者培训内容不合理等情况，要求仲裁委员会裁决公司返还被扣除的工资。

总结与建议： 公司因员工休息不参加培训而扣工资是否合法，关键在于是否有明确的合同约定或制度规定，以及培训是否具有特殊性和必要性。如果公司扣款行为不合法，员工应积极与公司沟通协商，必要时申请劳动仲裁以维护自己的合法权益。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。