结论前置：员工不辞而别时，用人单位在扣除其工资前需有合理依据，并确保扣除后的剩余工资不低于当地月最低工资标准。具体能否扣除以及扣除多少，需根据员工是否给用人单位造成经济损失以及损失的具体情况来确定。

一、员工不辞而别未造成经济损失的情况

若员工不辞而别但并未给用人单位造成实际的经济损失，那么用人单位通常无权随意扣除员工的工资。工资是员工提供劳动的报酬，只要员工实际付出了劳动，用人单位就应当按照劳动合同的约定和国家规定，及时足额地支付工资。

法律背景： 根据《工资支付暂行规定》的相关原则，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。

建议： 在这种情况下，用人单位可以通过其他方式来处理员工的不辞而别，比如依据公司的规章制度对员工进行纪律处分，或者通过法律途径追究员工的违约责任（如果劳动合同中有相关约定的话），但不应涉及不合理的工资扣除。

二、员工不辞而别造成经济损失的情况

若员工不辞而别给用人单位造成了实际的经济损失，比如岗位空缺导致的额外招聘费用、业务差错造成的损失等，那么用人单位有权要求员工进行赔偿，并可以从员工的工资中扣除相应的款项。但扣除时需遵循一定的原则和限制。

法律背景： 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。

具体计算（假设当地月最低工资标准为X元）：

• 若员工当月工资为Y元，且造成的经济损失为Z元（Z≤Y20%+（Y-X）（若Y-X>0则考虑，否则不考虑此部分）的简化处理，实际应直接比较Z与Y*20%）：
  • 当Z≤Y*20%时，可扣除Z元；
  • 当Z>Y*20%时，最多扣除Y*20%元，且需确保扣除后工资≥X元。

建议：

1. 用人单位在扣除工资前，应当承担举证责任，提供充分的证据证明损失的存在和具体数额。
2. 用人单位应与员工进行积极的沟通，寻求妥善的解决方案，比如协商分期赔偿等。
3. 在处理此类问题时，用人单位应严格遵守相关法律法规和劳动合同的规定，确保扣减工资行为的合法性和合理性。

三、用人单位的正确做法

1. 及时通知：当员工不辞而别时，用人单位应通过书面方式（如快递、电子邮件等）及时联系员工，要求其返回办理离职手续和工作交接。
2. 举证与协商：若员工行为造成经济损失，用人单位需提供充分证据，并与员工进行积极沟通，寻求妥善解决方案。
3. 遵守法规：在处理此类问题时，用人单位应严格遵循相关法律法规和劳动合同规定，确保扣减工资行为的合法性和合理性。

最后，员工不辞而别是一个复杂的问题，涉及到工资扣除、经济损失赔偿等多个方面。用人单位在处理此类问题时，应当谨慎行事，确保自己的行为符合法律法规的规定。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。