结论概述：针对员工请假两天但整个月未出勤的情况，考勤处理及工资扣除需依据公司规章制度、劳动合同以及相关法律法规进行。一般来说，公司应按照实际出勤情况记录考勤，并根据规章制度扣除相应工资，但扣除部分不得超过法定限额。

详细分析：

1. 考勤处理：

   • 实际出勤记录：公司应依据员工的实际出勤情况记录考勤，包括请假、旷工等。在此案例中，员工请假两天，但整个月未出勤，因此考勤记录应反映这一实际情况。
   • 规章制度依据：公司应依据内部规章制度处理考勤问题。规章制度应明确请假、旷工等情形的处理方式，以及相应的考勤记录方法。

2. 工资扣除：

   • 规章制度与劳动合同：根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，公司扣除员工工资需有合法依据，通常包括公司规章制度和劳动合同中的约定。若规章制度或劳动合同中明确规定了请假、旷工等情形的工资扣除标准，公司应按照约定执行。
   • 法定扣除限额：即使规章制度或劳动合同中有相关规定，公司扣除员工工资的部分也不得超过法定限额。根据《工资支付暂行规定》，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
   • 具体扣除计算：
     • 假设员工月工资为W元，请假两天（假设这两天工资为D元，D=W/当月工作日天数*2），若因员工原因导致整个月未出勤（非公司安排或不可抗力因素），且公司规章制度或劳动合同中规定了旷工工资的扣除标准（如旷工一天扣除三天工资等），则公司可按照约定扣除相应工资。但需注意，扣除总额不得超过员工当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。
     • 计算公式（以旷工扣除为例，假设旷工一天扣除三天工资）：

          - 旷工扣除工资总额 = 旷工天数 * 每日工资 * 扣除倍数（如3倍）
          - 但实际扣除时，需确保：旷工扣除工资总额 ≤ W * 20%，且 W - 旷工扣除工资总额 ≥ 当地最低工资标准
       

3. 特殊情况处理：

   • 非员工原因未出勤：若员工整个月未出勤是由于公司安排、不可抗力因素（如疫情、自然灾害等）或其他非员工本人原因导致的，公司则不应扣除员工工资，并应按照相关规定支付工资或生活费。
   • 规章制度合法性：公司在处理考勤和工资扣除问题时，应确保内部规章制度的合法性。规章制度需经过民主程序制定、公示或告知员工，并不得违反法律法规的强制性规定。

建议与后续行动：

• 审查规章制度：公司应审查内部规章制度，确保其合法性和合理性，并明确请假、旷工等情形的处理方式和工资扣除标准。
• 与员工沟通：在处理考勤和工资扣除问题时，公司应与员工进行充分沟通，解释处理依据和结果，避免产生纠纷。
• 寻求法律帮助：若公司在处理此类问题时遇到法律难题或纠纷，建议及时咨询专业律师，以确保合法合规处理。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。