关于不予退还的投标保证金由投标人留存还是代理机构留存的问题，这主要取决于招标文件中的具体规定以及相关法律法规的适用。以下是我从不同角度给出的详细分析：

1. 招标文件规定优先

• 核心原则：首先，应查看招标文件中的相关条款。招标文件是招标活动的法律依据，其中会明确规定投标保证金的退还条件、方式及留存主体。
• 具体操作：如果招标文件明确规定不予退还的投标保证金由代理机构留存，那么代理机构就有权留存这部分资金。反之，如果招标文件规定由投标人承担相关后果（如因投标人违约导致保证金不予退还），但并未明确留存主体，则可能需要进一步依据法律法规或行业惯例来判断。

2. 法律法规的适用

• 一般原则：在缺乏招标文件明确规定的情况下，应参考相关法律法规。虽然直接针对投标保证金留存主体的法律法规可能并不多见，但可以从合同法的角度理解，即投标保证金作为合同履行的一种担保方式，其处理应遵循合同双方（招标人与投标人）的约定及合同法的相关规定。
• 特殊情况：如果招标活动涉及政府采购或特定行业（如建设工程），则可能还需遵循相关政府采购法或行业法规的规定。这些法规可能对投标保证金的退还、留存等有更为具体的规定。

3. 行业惯例与公平原则

• 行业惯例：在某些行业中，可能存在关于投标保证金留存的普遍做法或惯例。这些惯例虽然不具有法律强制力，但在没有明确法律规定或招标文件规定的情况下，可以作为参考。
• 公平原则：无论招标文件如何规定，都应遵循公平原则。即投标保证金的留存不应损害投标人的合法权益，也不应成为招标人或代理机构谋取不正当利益的手段。

4. 实际操作建议

• 明确约定：为避免争议，建议在招标文件中明确规定不予退还的投标保证金的留存主体及处理方式。
• 法律咨询：如果招标文件或相关法律法规对此规定不明确，建议招标人或投标人在招标活动前咨询专业律师，以确保招标活动的合法性和公平性。
• 争议解决：如果发生争议，双方应首先通过协商解决。协商不成的，可以依据招标文件中的争议解决条款或相关法律法规，通过仲裁或诉讼等方式解决。

总结：不予退还的投标保证金的留存主体主要取决于招标文件中的具体规定。在缺乏明确规定的情况下，应参考相关法律法规、行业惯例及公平原则来判断。为避免争议，建议在招标文件中明确规定相关条款。如果有任何疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。