结论：员工在没有接到明确指令的情况下自行违章作业受伤，在满足工伤认定基本条件的前提下，通常仍然会被认定为工伤。

详细分析：

1. 工伤认定的核心原则：

   • 工伤认定的核心在于伤害与工作的关联性，而非员工的过错。这意味着，即使员工在作业过程中存在违章行为，只要这种伤害是在履行工作职责的过程中发生的，且与工作有直接关联，就有可能被认定为工伤。

2. 工伤认定的基本条件：

   • 根据《工伤保险条例》及相关法律法规，工伤认定需满足三个基本条件：在工作时间内、在工作场所内、因工作原因受到事故伤害。只要这三个条件同时满足，即使员工是自行违章作业，也通常会被认定为工伤。

3. 具体工伤认定情形：

   • 例如，如果员工在车间内自行操作机器（尽管可能未经明确指令），但因机器故障或操作不当导致受伤，且这种操作是在其工作职责范围内，那么这种伤害就很有可能被认定为工伤。

4. 排除工伤的情形：

   • 需要注意的是，尽管违章操作不影响工伤认定，但存在一些明确不被认定为工伤的情形，如故意犯罪导致的伤害、醉酒或者吸毒导致的伤害、自残或者自杀导致的伤害等。这些情形与员工的过错行为直接相关，且不符合工伤认定的基本原则。

5. 实际案例与法律实践：

   • 在实际法律实践中，法院或劳动保障部门在认定工伤时，会综合考虑伤害发生的时间、地点、原因以及员工的工作职责等因素。如果员工能够证明其受伤是在履行工作职责的过程中发生的，且与工作有直接关联，那么即使存在违章行为，也有可能获得工伤认定。

法律建议：

• 对于员工而言，如果发生自行违章作业受伤的情况，应及时向单位报告，并尽快申请工伤认定。同时，保留好相关证据，如医疗记录、工作记录等，以便在后续的法律程序中证明自己的权益。
• 对于单位而言，应加强对员工的安全教育和培训，提高员工的安全意识和操作技能，减少违章作业的发生。同时，在员工受伤后，应积极配合员工申请工伤认定，并按照规定支付工伤待遇。

后续思考：

• 如果员工自行违章作业受伤后，单位拒绝承认工伤或拒绝支付工伤待遇，员工可以通过法律途径维护自己的权益，如申请劳动仲裁或提起诉讼等。
• 在实际操作中，工伤认定的过程可能因具体情况而有所不同。因此，如果遇到复杂或疑难的工伤认定问题，建议直接向我咨询，以便获得更具体和专业的法律建议。