工厂要求员工自己下载个人所得税APP并完成相关操作，这一要求本身并不违法，但需结合具体实施方式判断其合法性。以下从不同角度展开分析：

1. 从税务申报义务的角度
   根据《个人所得税法》及实施条例，纳税人（即员工）有义务自行申报纳税。工厂作为扣缴义务人，需代扣代缴员工工资薪金所得的个人所得税，但员工仍需通过个人所得税APP等渠道确认收入信息、申报专项附加扣除等。因此，工厂要求员工下载APP并配合完成信息填报，属于协助员工履行纳税义务的合理要求，不违反法律规定。

2. 从工厂实施方式的角度
   若工厂仅是建议或指导员工下载APP，并提供必要协助（如统一组织培训、解答操作疑问），则属于合法合规的管理行为。但若工厂存在以下情形，则可能涉嫌违法：

   • 强制要求员工提供账号密码：员工个人所得税APP的账号密码属于个人隐私信息，工厂无权强制获取。若工厂以此为由威胁员工（如扣发工资、解除劳动合同），则涉嫌侵犯员工隐私权及劳动权益。
     
   • 将下载APP与工资发放挂钩：若工厂以“未下载APP”为由拒发工资或克扣工资，违反《劳动法》中“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人”的规定，员工可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
     
   • 要求员工虚构信息或逃避纳税：若工厂诱导员工通过APP虚报收入、隐瞒专项附加扣除等手段偷逃税款，则工厂与员工均可能面临税务处罚，情节严重者可能构成逃税罪。

3. 从员工权益保护的角度
   员工有权对工厂的要求提出异议或拒绝不合理要求。若工厂的行为侵犯员工合法权益（如隐私权、劳动报酬权），员工可通过以下途径维权：

   • 与工厂协商：要求工厂说明要求下载APP的具体目的，并明确拒绝提供账号密码或配合虚构信息。
     
   • 向税务部门举报：若发现工厂存在偷逃税款等违法行为，可向当地税务局举报。
     
   • 申请劳动仲裁：若工厂以“未下载APP”为由损害员工劳动权益（如扣发工资、解除合同），可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。

建议：工厂可制定书面通知，明确要求员工下载APP的目的（如配合个税申报、享受专项附加扣除政策），并提供操作指南或培训，但需避免强制要求提供账号密码或威胁员工。员工若对工厂要求存疑，可直接向我咨询具体情形下的合法性判断及维权方式。