结论：公司要求工资不超过5000元的员工下载个人所得税APP并注册的行为本身是合法的，但需满足“自愿性”和“用途正当性”两个核心前提。若公司强制要求或用于非税务目的，则可能涉嫌违法。

1. 从法律义务角度：下载APP本身不违法，但需以自愿为前提

根据《个人所得税法》及《税收征收管理法》，纳税人（包括工资收入者）有义务配合税务机关进行纳税申报和信息核对。个人所得税APP是国家税务总局推出的官方工具，用于个人所得税申报、专项附加扣除填报等。若公司仅是“建议”或“协助”员工下载注册，且明确告知用途（如方便申报个税、享受税收优惠等），则属于合法行为。

但若公司以“不下载就扣工资”“影响晋升”等理由强制要求，则可能涉嫌侵犯员工自主权。根据《劳动合同法》第9条，用人单位不得要求劳动者提供担保或以其他名义收取财物，虽未直接涉及APP下载，但强制行为可能被认定为“变相强制”，员工有权拒绝并投诉。

2. 从工资标准角度：5000元以下是否需申报不影响APP使用的合法性

根据现行个税政策，工资不超过5000元/月（扣除社保、专项附加扣除后）无需缴纳个人所得税，但仍需进行零申报或配合税务机关信息核对。因此，即使工资低于5000元，员工也可能是“纳税人”（需申报但无需缴税），公司要求下载APP可能是为了简化申报流程或确保税务合规。

但需注意：若公司要求员工通过APP填报虚假信息（如虚报专项附加扣除以降低公司税负），则涉嫌偷逃税款，员工可能面临连带责任。

3. 从隐私保护角度：公司不得滥用员工信息

个人所得税APP需绑定身份证、银行卡等敏感信息，公司若要求员工提供账号密码或以“代办”名义获取信息，则可能违反《个人信息保护法》第10条（禁止非法收集、使用个人信息）。员工有权拒绝提供账号密码，公司仅能协助指导操作，不得代为操作或留存信息。

总结建议

• 若公司行为合法：员工可配合下载注册，但需确认公司仅用于税务目的，且不强制要求提供账号密码。
  
• 若公司强制或滥用信息：员工可向当地税务机关举报（12366热线）或通过劳动仲裁维护权益。
  
• 工资低于5000元的员工：仍建议注册APP，以便未来工资增长或享受专项附加扣除时直接使用，避免重复注册麻烦。
  

如有其他细节需进一步分析（如公司具体要求、员工合同条款等），可直接向我咨询。