结论：工人在公司工作期间查出疾病，住院5个月治疗无效死亡，是否有赔偿需根据具体情况判断，主要涉及是否构成工伤的认定。以下分情况详细说明：
一、若疾病被认定为工伤
法律依据：
- 根据《工伤保险条例》第十五条，职工在工作时间和工作岗位，突发疾病死亡或者在48小时之内经抢救无效死亡的，视同工伤。但此条款中的“48小时”是一个关键时间点，本案例中工人住院5个月，显然超出了这一时间限制。然而，这并不意味着所有超出48小时的疾病死亡都不构成工伤，还需结合具体情况判断。
- 若疾病是由于工作原因导致的，例如长期接触有害物质导致的职业病，那么即使超出48小时，也可能被认定为工伤。
赔偿内容：
- 若被认定为工伤，根据《工伤保险条例》的相关规定，工人的家属可以获得丧葬补助金、供养亲属抚恤金和一次性工亡补助金等赔偿。
- 丧葬补助金为6个月的统筹地区上年度职工月平均工资。
- 供养亲属抚恤金按照职工本人工资的一定比例发给由因工死亡职工生前提供主要生活来源、无劳动能力的亲属。
- 一次性工亡补助金标准为上一年度全国城镇居民人均可支配收入的20倍。
二、若疾病未被认定为工伤
法律依据：
- 若疾病并非由于工作原因导致，或者无法证明与工作有直接关联，那么可能无法被认定为工伤。
- 在这种情况下，工人的死亡将不适用《工伤保险条例》的相关规定。
赔偿可能性：
- 若公司为员工购买了商业保险，如团体意外险等，那么工人的家属可能根据保险合同的约定获得一定的赔偿。
- 若公司未购买相关保险，且疾病与工作无直接关联，那么工人的家属可能无法从公司获得赔偿。但公司出于人道主义考虑，可能会给予一定的慰问金或补助。
三、特殊情况考虑
- 职业病认定：如果工人所患疾病属于职业病范畴，且能够证明与工作环境、工作条件等有直接关联，那么即使超出48小时，也可能被认定为工伤。职业病的认定需要依据专业的医学鉴定和相关的职业病诊断标准。
- 公司责任：即使疾病未被认定为工伤，如果公司存在过错，如未提供安全的工作环境、未进行必要的职业健康检查等，导致工人患病或病情加重，那么公司可能需要承担一定的民事赔偿责任。
建议：
- 工人的家属应尽快收集相关证据，如医疗记录、工作记录、职业病诊断证明等，以便进行工伤认定申请。
- 若对工伤认定有异议，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼。
- 在处理此类纠纷时，建议咨询专业律师，以便更好地维护自身权益。
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