拒不支付劳动报酬罪在立案后付清工资，是否可以撤案，需分情况讨论：

1. 侦查阶段公安机关撤案的可能性

   • 在侦查过程中，若用人单位拒不支付劳动报酬的行为情节显著轻微、危害不大，且不认为是犯罪，例如因资金周转困难短暂拖欠小额劳动报酬，并在公安机关介入后及时支付并获得劳动者谅解，公安机关可能视为情节显著轻微，不构成犯罪，从而撤销案件。
   • 若犯罪已过追诉时效期限，如法定最高刑不满五年有期徒刑，经过五年不再追诉；或法定最高刑五年以上不满十年有期徒刑，经过十年不再追诉，公安机关也应撤案。
   • 若犯罪嫌疑人死亡，刑事责任无法追究，公安机关同样应撤案。

2. 审查起诉阶段检察院决定不起诉的可能性

   • 在审查起诉阶段，若符合《刑事诉讼法》第十六条规定的情形，如情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的，或犯罪已过追诉时效期限的等，人民检察院应作出不起诉决定，这相当于撤案。
   • 若犯罪情节轻微，不需判处刑罚或可免除刑罚，且用人单位在提起公诉前支付劳动报酬并承担相应赔偿责任，人民检察院可酌定不起诉。
   • 若证据不足，人民检察院可退回公安机关补充侦查或自行侦查。若二次补充侦查后仍认为证据不足，不符合起诉条件，应作出不起诉决定。

3. 双方达成和解的情况

   • 根据《刑事诉讼法》，若用人单位真诚悔罪，通过支付劳动报酬、承担赔偿责任、赔礼道歉等方式获得劳动者谅解，双方可和解。对于达成和解协议的案件，公安机关可向人民检察院提出从宽处理建议，人民检察院可向人民法院提出从宽处罚建议，或对于犯罪情节轻微、不需判处刑罚的，作出不起诉决定（即撤案）。

4. 一般不可撤案的情形

   • 拒不支付劳动报酬罪属于公诉案件，由检察机关代表国家提起公诉。因此，在不存在上述特定情形的情况下，一般不可以撤案。即使付清了工资，如果已经构成了犯罪，且不符合撤案或不起诉的条件，案件仍将继续进行。

法律建议：

• 对于用人单位而言，应严格遵守劳动法律法规，及时足额支付劳动报酬，避免构成拒不支付劳动报酬罪。
• 若因特殊原因确实无法及时支付，应积极与劳动者沟通协商，争取达成和解，并尽快支付劳动报酬，以减轻或避免法律责任。
• 若案件已经立案，用人单位应积极配合公安机关和检察机关的调查和审查工作，如实陈述事实，提供相关证据，争取从宽处理。

可能后果：

• 若案件被撤销或不起诉，用人单位将避免刑事责任的追究，但仍需承担民事赔偿责任（如支付拖欠的工资、赔偿金等）。
• 若案件继续进行并被法院判决有罪，用人单位将面临刑事处罚（如罚金、有期徒刑等），同时仍需承担民事赔偿责任。

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