关于公司因员工请假扣除全勤奖和当天工资是否合法的问题，需分情况讨论：
关于当天工资的扣除
- 合法情况：根据《劳动法》及相关规定，员工正常请假并履行了企业规定的请假流程时，企业应按员工实际出勤天数计发工资。因此，扣除请假当天的基本工资在一般情况下是合法的，因为该期间员工未提供劳动。但需注意，扣除的金额应合理，不得导致员工实际收入大幅度减少，且企业应明确告知扣费标准。
- 不合理情况：如果企业未明确告知扣费标准，或扣除的金额过高，可能构成恶意扣压工资，违反了劳动法的相关规定。
关于全勤奖的扣除
- 合法情况：全勤奖是用人单位为规范管理、提高员工工作积极性而设置的一项奖惩制度，属于工资总额中的奖金范畴。若公司的规章制度或劳动合同中明确规定了请假会扣除全勤奖，并且这一规定是通过民主程序制定并向员工公示的，且不违反法律法规的强制性规定，那么扣除全勤奖的做法可能是合法的。特别是对于非法定带薪假期（如事假），公司有权根据规章制度或劳动合同中的约定扣除全勤奖。
- 不合理情况：若全勤奖被视为工资的一部分，且因请假扣除的全勤奖金额远超过缺勤时间的工资，或公司规章制度及劳动合同中未明确规定请假会扣除全勤奖，则这种做法可能构成未足额支付劳动报酬的违法行为。此外，即使公司有规定，但若该规定过于苛刻，如仅因一天请假就全额扣除全勤奖，也可能因缺乏合理性而被认为是不合理的。
针对此问题的建议措施：
- 与公司协商：首先，尝试与公司进行友好沟通，询问扣费的合理性，并要求公司给出明确的解释和依据。如果公司能够给出合理的解释，并且员工认为其做法是合理的，可以接受这一结果。
- 法律途径维权：若协商无果，员工认为公司的做法不合理且侵犯了自己的合法权益，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。在仲裁过程中，员工需要提供充分的证据来支持自己的主张，如请假记录、工资单、公司规章制度等。如果对仲裁结果仍不满意，还可以依法向人民法院提起诉讼来维护自己的权益。但需注意诉讼程序的复杂性和耗时性。
额外提醒：
- 员工在入职时应仔细阅读并了解公司的规章制度，特别是关于请假、全勤奖等方面的规定，以确保自己的合法权益不受侵害。
- 在与公司沟通或法律维权过程中，保持冷静和理性，避免情绪化行为影响问题的解决。
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