结论：单位加工资按基础工资加，但您有三个月被扣了钱，这三个月的扣除部分是否应算入基础工资，需根据具体情况判断。以下从不同角度为您分析：
基础工资的定义与扣除的合法性
- 基础工资定义：基础工资通常是员工固定获得的工资部分，是计算加班费、社保缴费基数等的重要依据。它一般不包括奖金、津贴、补贴等变动部分。
- 扣除合法性：如果单位扣除的工资部分有合法依据（如员工请假、违纪罚款、社保个人承担部分等），且扣除后的工资不低于当地最低工资标准，那么这种扣除是合法的。在此情况下，扣除的部分不应再算入基础工资的加薪基数中。
加薪基数的确定
- 加薪政策：单位加薪时，应明确加薪的基数是基础工资还是包括其他部分的总收入。如果加薪政策明确是基于基础工资，那么被扣除的部分（如果合法）自然不应算入加薪基数。
- 合同与规定：查看您的劳动合同或单位的相关规定，看是否有关于加薪基数的明确约定。如果有，按照约定执行；如果没有，可能需要与单位协商确定。
被扣工资的复核与争议解决
- 复核扣除原因：首先，您需要复核这三个月被扣工资的具体原因。如果是因为单位错误扣除或没有合法依据的扣除，您有权要求单位补发。
- 争议解决途径：如果与单位在加薪基数或被扣工资问题上存在争议，您可以先尝试与单位协商解决。协商不成的，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
举例说明：
假设您的基础工资是5000元/月，单位决定加薪10%，即每月加薪500元。但在这三个月中，您因请假被扣除了部分工资，每月实际到手工资为4500元。如果扣除是合法的（如请假扣款），那么加薪基数仍应是5000元，而不是4500元。因此，您每月仍应加薪500元，而不是基于4500元的10%。
建议：
- 首先，与单位沟通，明确加薪政策和被扣工资的原因。
- 如果认为单位扣除工资不合法或加薪基数计算有误，及时收集证据（如工资条、请假记录等）。
- 考虑咨询专业律师（即我，张时阳律师，专注于工伤赔偿、民间借贷、交通事故领域，但劳动工伤问题我也能提供专业建议），以更好地维护自己的权益。
如有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。