结论：公司让员工连续上两个月夜班是否合法，需结合具体情况判断，主要看是否违反了关于工作时间、休息休假以及特殊工时制度的相关规定。
一、关于工作时间与休息休假
根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时。同时，用人单位应当保证劳动者每周至少休息一日。如果公司安排员工连续上两个月夜班，且未给予足够的休息时间，那么这种安排很可能违反了劳动法的规定。
具体分析：
- 工作时间：如果夜班的工作时间超出了每日八小时或每周四十四小时的限制，且没有相应的加班补偿或调休安排，那么公司的行为就是违法的。
- 休息休假：员工在连续工作后应享有足够的休息时间。如果公司未安排员工在夜班后得到充分的休息，或者连续安排夜班而没有安排调休，这也可能构成违法。
二、关于特殊工时制度
在某些特殊情况下，如因生产特点、工作特殊需要或职责范围的关系，用人单位可能需要实行不定时工作制或综合计算工时工作制。然而，这些特殊工时制度的实行需要经过劳动行政部门的批准，并且用人单位需要确保劳动者的平均日工作时间和平均周工作时间与法定标准工作时间基本相同。
具体分析：
- 不定时工作制：如果公司实行不定时工作制，并且已经获得了劳动行政部门的批准，那么安排员工上夜班可能不违反法律规定。但即便如此，公司也需要确保员工的休息权益得到保障。
- 综合计算工时工作制：如果公司实行综合计算工时工作制，并且已经获得了批准，那么在一个综合计算周期内，员工的总工作时间不应超过法定标准工作时间。如果公司安排员工连续上两个月夜班导致总工作时间超标，那么这种行为就是违法的。
三、建议与措施
- 与公司沟通：如果员工认为公司的夜班安排不合理或违法，首先可以尝试与公司进行沟通，表达自己的诉求和担忧。
- 收集证据：员工应保留好与夜班安排相关的证据，如工作记录、排班表等，以便在需要时证明自己的权益。
- 寻求法律援助：如果沟通无果或公司拒绝改正违法行为，员工可以向当地的劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
最后，每个具体情况都可能有所不同，因此如果员工对自己的权益有疑问或担忧，建议直接向我咨询，我会根据具体情况提供更详细的法律建议和帮助。