结论前置：公司是否可以扣除您已休完的年假，主要取决于您的工作年限以及具体的病假时长，同时需参考用人单位的规章制度。

一、工作年限与病假时长对年假的影响

根据《职工带薪年休假条例》第四条的规定，职工是否享受年休假与累计工作年限和病假时长密切相关。具体来说：

1. 累计工作满1年不满10年的职工：

   • 如果您在此期间内请病假累计达到2个月以上，则当年不再享受年休假。
   • 若您仅休了2个月病假，且未超过此年限的病假上限，则您仍应享受年假。

2. 累计工作满10年不满20年的职工：

   • 您需请病假累计3个月以上才不享受当年年休假。
   • 因此，在您休了2个月病假的情况下，您仍然可以享受年假。

3. 累计工作满20年以上的职工：

   • 您需请病假累计4个月以上才不享受当年年休假。
   • 同样，休了2个月病假的您，依然可以享受年假。

二、用人单位规章制度的影响

除了国家法律法规外，用人单位的具体规章制度也可能对病假与年休假的关系有所规定。有些单位可能设定了更为严格的标准，如规定请病假达到一定时长后即不享受当年的带薪年休假。

• 因此，在判断公司是否可以扣除您的年假时，还需参考您所在单位的具体规章制度。如果单位规章制度中有明确规定，且该规定不违反国家法律法规的强制性规定，那么单位有权按照规章制度执行。

三、建议与行动

1. 查阅规章制度：

   • 首先，建议您查阅所在单位的规章制度，特别是关于病假和年休假的相关规定，以明确自己的权益和义务。

2. 与公司沟通：

   • 如果您认为公司扣除年假的行为不合理或违反了相关法律法规和规章制度，可以与公司进行沟通，表达您的诉求和理由。

3. 寻求法律帮助：

   • 如果沟通无果，或者您对公司的处理结果有异议，可以向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律意见和帮助。

总结：公司是否可以扣除您已休完的年假，需综合考虑您的工作年限、病假时长以及用人单位的规章制度。在大多数情况下，如果您仅休了2个月病假，且未超过相应年限的病假上限，您仍然有权享受年假。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。