结论：公司因员工请病假两个月而扣除其年休假，这一做法是否合法，需根据具体情况来判断，不能一概而论。
一、相关法律规定
根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》以及《职工带薪年休假条例》的相关规定，我们可以明确以下几点：
医疗期：企业职工因患病或非因工负伤，需要停止工作医疗时，根据本人实际参加工作年限和在本单位工作年限，给予三个月到二十四个月的医疗期。在医疗期内，企业不得解除劳动合同，且应按照规定支付病假工资或疾病救济费。
年休假：职工连续工作满12个月以上的，享受带薪年休假。年休假天数根据职工累计工作时间确定，一般在5天至15天之间。职工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入。
二、病假与年休假的关系
不冲突原则：病假和年休假是两种不同的假期，它们各自有独立的适用条件和规定。病假是基于职工患病或非因工负伤的需要而给予的假期，而年休假则是基于职工连续工作满一定年限而给予的带薪休假。因此，一般情况下，病假和年休假不应相互冲抵。
特殊情况：虽然病假和年休假原则上不冲突，但也有一些特殊情况需要考虑。例如，如果职工在医疗期内已经享受了足够的休息时间，且其病情已经稳定或好转，那么企业可能会根据实际情况和内部规章制度，对职工的年休假进行适当调整。然而，这种调整必须合法、合理，且不能违反相关法律法规的规定。
三、公司扣除年休假的合法性分析
合法情形：如果公司的规章制度中明确规定了病假与年休假的冲抵规则，且该规则不违反相关法律法规的规定（如不侵犯职工的合法权益、不违背公序良俗等），同时该规章制度已经经过职工代表大会或全体职工讨论通过，并向职工进行了公示或告知，那么公司因员工请病假两个月而扣除其年休假，可能是合法的。但这种情况较为少见，且需要满足严格的条件。
非法情形：如果公司没有明确的规章制度规定病假与年休假的冲抵规则，或者该规则违反了相关法律法规的规定（如侵犯了职工的合法权益、违背了公序良俗等），那么公司因员工请病假两个月而扣除其年休假，就是非法的。在这种情况下，职工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
四、建议与措施
查阅公司规章制度：如果你对公司扣除年休假的做法有疑问，首先应该查阅公司的规章制度，了解是否有关于病假与年休假冲抵的规定。
与公司沟通协商：如果公司的规章制度中没有明确规定或规定不明确，你可以与公司的人力资源部门或相关负责人进行沟通协商，了解公司扣除年休假的具体原因和依据。
寻求法律援助：如果你认为公司的做法侵犯了你的合法权益，你可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。在申请劳动仲裁时，你需要提供相关的证据材料（如劳动合同、病假证明、公司规章制度等）来支持你的主张。
总之，公司因员工请病假两个月而扣除其年休假是否合法，需根据具体情况来判断。如果你对此有疑问或认为公司的做法侵犯了你的合法权益，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况为你提供专业的法律建议。