结论：协议明确经济补偿金未支付，是否可以重新起诉需分情况讨论，一般而言，若符合法定条件，是可以重新起诉或申请仲裁的。
分析如下：
若原协议已经劳动仲裁裁决或法院判决确认：
- 在这种情况下，如果协议中明确的经济补偿金未支付，且该裁决或判决已经生效，那么通常不能直接重新起诉。因为裁决或判决具有法律效力，一方不履行的，另一方应申请强制执行，而非重新起诉。
- 例外情况：如果存在新的证据或事实，足以推翻原裁决或判决，或者原裁决、判决存在法定撤销情形（如裁决所根据的证据是伪造的、对方当事人隐瞒了足以影响公正裁决的证据等），则可以在法定期限内申请撤销原裁决或判决，并重新提起仲裁或诉讼。
若原协议未经劳动仲裁裁决或法院判决确认：
- 如果双方只是签订了关于经济补偿金的协议，但并未经过劳动仲裁或法院诉讼程序确认其效力，那么当一方未按照协议支付经济补偿金时，另一方有权依据该协议向劳动仲裁机构申请仲裁或向法院提起诉讼。
- 在此情况下，重新起诉（或申请仲裁）是合法的救济途径，因为协议本身虽然具有合同效力，但在劳动争议中，通常需要经过仲裁前置程序（即先申请劳动仲裁，对仲裁结果不服的再向法院起诉）来确认其具体执行内容。
关于起诉或申请仲裁的时效问题：
- 无论是重新起诉还是申请仲裁，都需要注意时效问题。根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。
- 如果超过了法定时效期间，那么可能会丧失胜诉权，即即使起诉或申请仲裁，也可能无法得到法律的支持。
建议：
- 在决定是否重新起诉或申请仲裁前，建议先仔细审查原协议的内容以及是否已经经过劳动仲裁或法院诉讼程序确认。
- 如果原协议未经确认且存在未支付的经济补偿金，应及时向劳动仲裁机构申请仲裁或向法院提起诉讼，并注意时效问题。
- 如果原协议已经确认但存在法定撤销情形，应在法定期限内申请撤销原裁决或判决，并重新提起仲裁或诉讼。
- 在整个过程中，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议和指导。
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