核心结论：员工离职时提交假发票属于违法行为，用人单位可依法处理，具体可从以下角度分析和应对：

1. 法律定性：假发票的违法性

根据《中华人民共和国发票管理办法》第二十二条，任何单位和个人不得为他人、为自己开具与实际经营业务情况不符的发票（即“虚开发票”），也不得介绍他人开具此类发票。员工提交假发票可能涉及以下违法情形：

• 虚开发票：若发票内容与实际业务无关（如虚构报销项目），属于违法行为；
• 伪造发票：若发票本身为伪造（如假章、假编号），可能触犯《刑法》第二百八十条（伪造公司、企业印章罪）或《税收征收管理法》第六十三条（偷税行为）。

用人单位应对：

• 立即停止报销流程，要求员工解释发票来源及用途；
  
• 若确认发票为假，可向税务机关举报（拨打12366或通过电子税务局平台），税务机关将依法调查并处罚；
  
• 若员工行为涉嫌犯罪（如伪造发票、职务侵占），可向公安机关报案。

2. 劳动法角度：用人单位的权利与义务

根据《劳动合同法》第三十九条，员工严重违反用人单位规章制度的，用人单位可解除劳动合同且无需支付经济补偿。若公司规章制度明确禁止“提交虚假报销凭证”，可依此处理：

• 程序要求：
  
  • 需证明员工知晓规章制度（如通过培训、签字确认）；
    
  • 需固定证据（如假发票原件、员工承认的书面材料、第三方鉴定报告）；
    
  • 解除合同前需通知工会（如有）并听取其意见。
    
• 风险提示：
  
  • 若证据不足或程序违法，可能被认定为违法解除，需支付赔偿金（2N）；
    
  • 若员工主张“不知情”或“发票由他人提供”，需进一步调查核实。

3. 民事赔偿：追偿损失

若员工提交假发票导致公司损失（如多缴税款、罚款），可依据《民法典》第一千一百六十五条要求其赔偿：

• 损失范围：包括实际支付的税款、滞纳金、罚款，以及因调查产生的合理费用（如律师费、鉴定费）；
  
• 举证责任：公司需证明损失与员工行为存在因果关系（如税务机关出具的处罚决定书）。

4. 实务建议：预防与应对措施

• 事前预防：
  
  • 在规章制度中明确“虚假报销”为严重违纪行为，并规定处罚措施；
    
  • 定期组织财务培训，强调发票合规性要求；
    
  • 使用税务机关提供的发票查验平台（如“全国增值税发票查验平台”）核实发票真伪。
    
• 事后处理：
  
  • 保留完整证据链（包括发票、报销单、审批记录、员工沟通记录）；
    
  • 协商解决：可要求员工书面承认错误并退还报销款，避免直接冲突；
    
  • 法律途径：若协商无果，可申请劳动仲裁或直接起诉要求赔偿。

总结：员工离职时提交假发票，用人单位需从行政举报、劳动纪律、民事赔偿三方面综合应对，同时完善内部管理以降低风险。如有具体案件细节（如发票金额、员工职位、公司制度等），可进一步向我咨询，我会结合实际情况提供针对性方案。