离职后公司查出员工在职期间存在虚开发票行为的，公司可依法追究员工责任，员工可能面临行政处罚、刑事责任及民事赔偿，具体处理方式需结合行为性质、情节严重程度及公司制度综合判断。以下从法律责任、公司处理流程、员工应对建议三个角度展开分析：

一、法律责任层面：虚开发票可能触犯“三重法律红线”

1. 行政责任
   根据《发票管理办法》第三十七条，虚开发票（包括为他人、为自己、让他人为自己、介绍他人开具与实际经营业务情况不符的发票）的，由税务机关没收违法所得；虚开金额在1万元以下的，可并处5万元以下罚款；虚开金额超过1万元的，并处5万元以上50万元以下罚款。即使员工已离职，税务机关仍可对其追责，罚款需由个人承担。

2. 刑事责任
   若虚开发票情节严重（如虚开税款数额1万元以上或致使国家税款被骗取5000元以上），可能构成《刑法》第二百零五条之一的“虚开发票罪”，处二年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处罚金；情节特别严重的（如虚开税款数额5万元以上或致使国家税款被骗取3万元以上），处二年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。刑事责任不因离职而免除，司法机关可依法追诉。

3. 民事赔偿责任
   若虚开发票导致公司遭受损失（如被税务机关处罚、补缴税款及滞纳金等），公司可依据《民法典》第一千一百六十五条，以“侵权责任”或“违约责任”（若员工违反公司财务制度）为由，要求员工赔偿实际损失。赔偿范围包括直接损失（如罚款、税款）及合理维权费用（如律师费、诉讼费）。

二、公司处理流程：从内部调查到外部追责的完整链条

1. 内部调查与证据固定
   公司发现虚开发票后，应首先通过财务记录、合同、审批流程等内部材料，核实虚开发票的具体情况（如开具时间、金额、用途、涉及人员等），并留存相关证据（如发票复印件、审批单、员工操作记录等）。证据的完整性和合法性是后续追责的关键。

2. 根据情节轻重分类处理

   • 情节较轻（如虚开金额小、未造成实际损失）：公司可依据内部规章制度（如《员工手册》《财务管理制度》）对员工进行纪律处分（如警告、记过、解除劳动合同），并要求员工退还违法所得或赔偿损失。
     
   • 情节严重（如虚开金额大、涉及刑事犯罪）：公司应立即向税务机关或公安机关报案，并配合调查。报案是公司的法定义务，若隐瞒不报可能承担连带责任。

3. 追偿与执行
   若员工拒绝赔偿，公司可通过劳动仲裁（针对未结清的工资、经济补偿等）或民事诉讼（针对侵权赔偿）主张权利。诉讼时效为3年，自公司知道或应当知道权利受损之日起计算。

三、员工应对建议：主动沟通与法律防御并重

1. 若确属个人行为：

   • 主动配合调查：如实向公司或司法机关说明情况，避免因隐瞒或伪造证据加重责任。
     
   • 协商赔偿方案：与公司协商分期赔偿或减免部分费用，争取达成和解协议（需书面确认）。
     
   • 咨询专业律师：评估行政处罚或刑事责任风险，制定应对策略（如申请听证、辩护等）。

2. 若存在争议（如被误认或被迫参与）：

   • 收集反证：保留与虚开发票无关的证据（如工作记录、沟通记录、审批流程等），证明自身无主观故意或未实际参与。
     
   • 拒绝不合理要求：若公司要求员工承担超出法律范围的赔偿（如惩罚性罚款），可拒绝并要求通过法律途径解决。
     
   • 及时维权：若公司违法解除劳动合同或克扣工资，可申请劳动仲裁主张权利。

最后提醒：虚开发票是严重的违法行为，不仅可能毁掉个人职业生涯，还会面临“行政+刑事+民事”三重打击。若您或您身边的人涉及此类问题，可直接向我咨询具体应对方案，我会结合案件细节提供专业建议。