针对您提出的“公司借别人用虚开的发票怎么处理”这一问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，借用别人发票，在法律上属于虚开发票的一种表现形式，这是严格禁止的违法行为。根据《中华人民共和国发票管理办法》的相关规定，任何单位和个人都应按照发票管理规定使用发票，不得转借、转让或介绍他人转让发票。
一、税务机关的行政处理
责令限期改正：一旦税务机关发现公司存在借用发票的行为，会首先责令公司在规定期限内改正错误，停止这种违规行为。
没收违法所得：对于公司因借用发票而获得的违法所得，税务机关将依法予以没收。
罚款：
二、涉及刑事犯罪的处理
如果借用发票的行为构成犯罪，如虚开增值税专用发票或用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票，公司将依法追究刑事责任。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定：
虚开发票罪：情节严重的，公司可能面临二年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处罚金；情节特别严重的，处罚将更为严厉，可能处二年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。如果是单位犯罪，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法处罚。
虚开增值税专用发票罪：处罚更为严重，可能处三年以下有期徒刑或者拘役，并处二万元以上二十万元以下罚金；虚开的税款数额较大或者有其他严重情节的，处罚将提升至三年以上十年以下有期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金；虚开的税款数额巨大或者有其他特别严重情节的，可能处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金或者没收财产。
三、实际建议与操作
加强财务管理：公司应建立健全的财务管理制度，确保发票的真实性和合法性。对于取得的发票，应充分利用税务机关提供的免费查询渠道进行查验，如全国增值税发票查验平台等。
及时拒收不符合规定的发票：对于不符合规定的发票，公司应及时拒收，不作为财务凭证入账，以避免可能的法律风险。
积极配合税务机关的调查：如果公司被税务机关发现存在借用发票的行为，应积极配合调查，主动改正错误，并按照税务机关的要求进行处理。
寻求专业法律帮助：如果公司对税务机关的处理决定有异议，或者面临刑事指控，应及时寻求专业法律帮助，以维护公司的合法权益。
综上所述，借用别人发票是严重的违法行为，不仅会受到税务机关的行政处罚，还可能触犯刑法，承担刑事责任。因此，我建议公司务必遵守相关法律法规，确保发票的真实性和合法性。