若行政处罚中对违法所得的调查不清楚，可采取以下措施来应对和解决：

1. 申请补充调查或听证
   根据《行政处罚法》及相关程序规定，若行政机关在调查过程中对违法所得的认定存在事实不清、证据不足的情况，当事人有权在行政机关告知拟处罚决定后，申请补充调查或要求举行听证。在听证或补充调查阶段，当事人可提交相关证据（如财务记录、合同、交易凭证等），证明违法所得的具体金额或主张调查存在遗漏，推动行政机关重新核实事实。

2. 提出陈述、申辩意见
   在行政机关作出处罚决定前，当事人可通过书面或口头形式提出陈述、申辩，重点说明违法所得调查不充分的问题。例如，指出行政机关未调取关键证据（如银行流水、第三方支付记录）、未核实交易真实性或未区分合法与非法收入等，要求行政机关依法纠正。若行政机关未采纳合理意见，其处罚决定可能因“事实不清、证据不足”被后续行政复议或诉讼撤销。

3. 申请行政复议或提起行政诉讼
   若行政机关已作出处罚决定，但当事人认为违法所得认定仍存在事实不清、程序违法等问题，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。复议机关或法院将重点审查行政机关的调查程序是否合法、证据是否充分。若行政机关无法证明其已尽到合理调查义务，或违法所得金额的认定缺乏依据，复议决定或判决可能撤销或变更原处罚决定。

实务建议：

• 主动配合调查，但保留证据：在行政调查阶段，当事人应配合提供基础材料（如营业执照、交易记录等），但对行政机关要求提供的可能涉及商业秘密或无关的信息，可依法主张权利，避免过度自证。
  
• 委托专业律师介入：违法所得的认定常涉及财务审计、法律定性等复杂问题，律师可协助梳理证据链、分析行政机关的调查漏洞，并制定陈述申辩或诉讼策略，提高维权效率。
  
• 关注程序合法性：若行政机关未依法履行调查程序（如未告知权利、未听取陈述申辩），即使违法所得金额认定无误，处罚决定也可能因程序违法被撤销。

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