在行政处罚过程中，如果非法获利的具体数额查不清楚，这确实会给处罚决定带来一定的挑战。不过，根据相关的法律法规和行政程序，我们可以从以下几个方面来理解和处理这个问题：
首先，需要明确的是，行政处罚的依据是违法事实的存在以及违法行为的性质、情节和社会危害程度，而非法获利的数额虽然是衡量违法行为严重程度的一个重要因素，但并非唯一决定因素。
当非法获利查不清楚时，公安机关或相关行政机关在调查结束后，会根据《中华人民共和国治安管理处罚法》等相关法律法规的规定，对案件进行综合评估。具体来说：
如果确有依法应当给予行政处罚的违法行为，即使非法获利的具体数额无法查清，行政机关也会根据违法行为的性质、情节、社会危害程度以及其他相关证据，作出相应的处罚决定。这种情况下，处罚的力度可能会基于可查明的其他违法事实进行适当调整。
如果违法事实不能成立，或者依法不予处罚，那么行政机关会作出不予处罚的决定。这包括但不限于证据不足、违法行为轻微且已及时改正、或者存在其他依法不予处罚的情形。
在特殊情况下，如果违法行为已涉嫌犯罪，行政机关会将案件移送主管机关（如检察院或法院）依法追究刑事责任。此时，非法获利的数额可能会在刑事诉讼过程中作为量刑的一个考虑因素，但同样不是唯一决定因素。
对于其他违法行为，如果在对主要违法行为作出处罚决定的同时，发现行为人还有其他违法行为，行政机关会通知有关行政主管部门进行处理。
在实际操作中，行政机关会尽可能收集相关证据，以查明非法获利的数额。但如果由于各种原因（如证据灭失、行为人拒不配合等）确实无法查清，行政机关会依据现有证据和法律法规的规定，作出合理、公正的处罚决定。
因此，即使非法获利查不清楚，行政机关也会根据违法行为的性质、情节和社会危害程度等因素，依法作出相应的处罚决定或不予处罚决定。