结论：买车支付5000元但发票仅开2000元的行为不合法，可能涉及偷逃税款、违反财务制度、侵害消费者权益等多重法律风险。

1. 税务角度：涉嫌偷逃税款

根据《中华人民共和国税收征收管理法》及《增值税暂行条例》，销售方开具发票的金额应与实际交易金额一致。若销售方故意低开发票金额（如实际收款5000元但仅开具2000元发票），可能通过隐瞒收入的方式少缴增值税、企业所得税等税款，构成偷税行为。税务机关查实后，可责令补缴税款、加收滞纳金，并处以罚款（最高可达偷税金额的5倍）；情节严重的，还可能追究刑事责任（《刑法》第二百零一条）。

2. 财务与合同角度：违反真实交易原则

发票是交易双方财务记账的合法凭证，低开发票会导致：

• 销售方：财务账目与实际收入不符，可能被认定为“账外经营”，面临税务处罚；
• 购买方：若需凭发票报销或抵扣税款（如企业购车），低开发票会导致无法全额入账或抵扣，损害自身利益；
• 合同效力：若购车合同明确约定交易金额为5000元，但发票金额与合同不符，可能引发合同纠纷，销售方需承担违约责任。

3. 消费者权益角度：侵害知情权与公平交易权

根据《消费者权益保护法》，消费者有权知悉商品或服务的真实情况，并获得质量保障、价格合理等公平交易条件。低开发票可能隐藏以下问题：

• 车辆实际价格：发票金额低于实际支付金额，可能掩盖车辆真实售价，损害消费者对价格的知情权；
• 售后服务风险：若车辆后续出现质量问题，销售方可能以“发票金额仅为2000元”为由拒绝按实际支付金额提供保修或赔偿；
• 二手车交易影响：未来转售车辆时，低开发票可能导致车辆估值降低，影响消费者权益。

4. 法律后果与建议

• 对销售方：可能面临税务处罚、行政罚款，甚至刑事责任；若被认定为“虚开发票”（如无真实交易或金额不符），还可能触犯《刑法》第二百零五条。
• 对购买方：若主动要求低开发票，可能被认定为“共同违法”，需承担连带责任；若被动接受，可向税务机关举报销售方违法行为，并要求重新开具合法发票。

建议：

1. 购车时务必要求销售方按实际交易金额开具发票，并核对发票信息与合同、付款凭证是否一致；
   
2. 若发现低开发票行为，可向当地税务机关举报（拨打12366纳税服务热线），或通过法律途径要求销售方承担违约责任；
   
3. 保留购车合同、付款记录、沟通记录等证据，以备维权之需。
   

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