公司更改薪资制度是否合法，关键在于其是否遵循了合法、合理、程序正当的原则，并与员工进行了充分的协商和沟通。以下是对此问题的详细分析：
合法的薪资制度更改情形
劳动合同与规章制度中的明确规定：
- 如果劳动合同或公司的规章制度中已明确规定了薪资制度可以根据经营状况、员工表现等因素进行调整，并且这种调整权限和程序被清晰界定，那么公司在遵循这些规定的情况下进行的调整通常是合法的。
- 举例：劳动合同中约定，公司可根据年度经营效益调整员工薪资，且调整前需召开职工大会讨论。若公司按此程序操作，则调整合法。
与员工协商一致：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十五条，用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容，包括薪资制度。因此，公司在更改薪资制度前，应与员工进行充分协商，并取得大多数员工的同意。
- 建议：公司可以通过召开职工大会、部门会议或逐一与员工沟通等方式，确保员工对薪资制度的更改有充分的了解和参与。
履行民主程序：
- 对于设有工会或职工代表大会的公司，更改薪资制度还需提交这些组织讨论，并听取其意见和建议。公司应尊重工会或职工代表的意见，与之平等协商确定最终的薪资制度。
- 举例：公司拟更改薪资制度，先提交职工代表大会讨论，根据代表意见进行修改后，再正式实施。
非法的薪资制度更改情形
擅自变更：
- 公司在未与员工协商一致的情况下，单方面更改薪资制度，降低员工工资待遇，违反了《劳动合同法》关于劳动合同变更的规定。这种行为侵害了员工的合法权益，可能导致法律纠纷。
- 后果：公司可能面临劳动行政部门的处罚，包括责令支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可能支付赔偿金。
程序违法：
- 公司未履行必要的民主程序，如未将薪资制度的变更提交工会或职工代表大会讨论，就直接实施新的薪资制度。这种程序上的瑕疵也可能被认定为违法。
- 举例：公司未召开职工大会，直接通知员工薪资制度更改，此行为程序违法。
内容违法：
- 新的薪资制度内容本身违反法律法规的强制性规定，如超时工作不支付加班费、薪酬低于最低工资标准等。这些违法行为将直接损害员工的切身利益，并可能引发法律诉讼。
- 后果：公司不仅可能面临法律处罚，还可能损害企业形象和员工信任。
员工权益保护建议
积极沟通协商：
- 员工在公司更改薪资制度时，应积极参与沟通和协商过程，了解自己的权益和义务，确保调整过程的合法性和合理性。
保留证据：
- 员工应保留与薪资制度更改相关的所有证据，如公司通知、会议记录、劳动合同等，以便在必要时维护自己的合法权益。
投诉与举报：
- 如果公司未经协商单方面更改薪资制度或存在其他违法行为，员工可以向当地劳动监察部门投诉举报，寻求法律援助和保护。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 在协商无果的情况下，员工可以依据《劳动合同法》的相关规定申请劳动仲裁或提起诉讼，维护自己的合法权益。
综上所述，公司更改薪资制度的合法性取决于其是否遵循了合法、合理、程序正当的原则，并与员工进行了充分的协商和沟通。公司在更改薪资制度时，应严格遵守相关法律法规，确保员工的合法权益得到充分保障。员工也应积极了解自己的权益和义务，并在必要时采取合适的措施维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。