结论：员工成立个体工商户给公司开具运输发票是否合法，需分情况讨论，关键在于是否符合真实业务背景、是否存在虚开发票等违法行为。以下是具体分析：

1. 合法情形：符合真实业务背景

若员工成立个体工商户后，实际从事运输业务，与公司存在真实的运输服务交易，且满足以下条件，则开具发票合法：

• 业务真实性：个体工商户需实际提供运输服务（如货物运输、装卸等），公司需留存运输合同、运输单据（如送货单、签收单）、付款记录等证明业务真实性的材料。
• 税务合规性：
  • 个体工商户需依法办理税务登记，按实际收入申报纳税（如增值税、个人所得税等）；
  • 开具发票时需与实际业务一致（如运输服务名称、金额、税率等），不得虚开发票（如无真实业务开具发票、虚增金额等）。
• 合同与资金流一致：公司向个体工商户支付运输费用时，需通过银行转账等可追溯方式支付，且合同签订方、发票开具方、收款方需一致。

操作建议：

• 公司与个体工商户签订书面运输合同，明确服务内容、价格、付款方式等；
• 个体工商户按实际收入申报纳税，避免偷逃税款；
• 公司留存完整业务证据链（合同、发票、付款记录、运输单据等），以备税务检查。

2. 违法情形：存在虚开发票或逃避税收

若员工成立个体工商户的目的是为了虚开发票、逃避税收或转移利润，则可能涉及以下违法行为：

• 虚开发票：无真实业务背景，仅为公司开具发票以套取资金或抵扣税款，可能构成《刑法》第二百零五条规定的“虚开增值税专用发票罪”或“虚开发票罪”。
• 逃避税收：个体工商户通过隐瞒收入、虚列成本等方式偷逃税款，可能面临税务行政处罚（如补缴税款、滞纳金、罚款），情节严重的可能构成逃税罪。
• 关联交易不合规：若个体工商户与公司存在关联关系（如员工同时是公司股东或高管），但未按独立交易原则定价或交易，可能被税务机关调整应纳税所得额。

风险提示：

• 虚开发票的刑事责任：根据《刑法》第二百零五条，虚开税款数额较大（如1万元以上）或造成国家税款损失的，可能面临三年以下有期徒刑或拘役，并处罚金；数额巨大或有其他严重情节的，可能面临三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。
• 税务行政处罚：即使不构成犯罪，虚开发票或偷逃税款也可能面临税务机关的处罚（如补缴税款、滞纳金、罚款），并影响企业信用评级。

3. 如何合法开具运输发票？

若符合真实业务背景，个体工商户可按以下流程开具发票：

1. 办理税务登记：个体工商户需向当地税务机关办理税务登记，领取税务登记证或电子税务局账号。
2. 申请发票票种：根据业务需求，向税务机关申请领用增值税普通发票或专用发票（需满足一定条件，如纳税信用等级、业务规模等）。
3. 开具发票：通过税务机关指定的开票系统（如增值税发票开票软件）开具发票，确保发票内容与实际业务一致（如运输服务名称、金额、税率等）。
4. 申报纳税：按期向税务机关申报纳税（如增值税、个人所得税等），并缴纳税款。

总结：员工成立个体工商户给公司开具运输发票是否合法，关键在于是否符合真实业务背景、是否存在虚开发票或逃避税收等违法行为。若业务真实且税务合规，则合法；若存在虚开或偷逃税款，则可能面临刑事或行政责任。建议公司在与个体工商户合作时，严格审核业务真实性，并留存完整证据链，以降低法律风险。如有进一步疑问，可直接向我咨询。