结论：工程纠纷在一般情况下是可以约定仲裁的，但需注意建设工程施工合同纠纷因通常被视为不动产纠纷而受到专属管辖的限制，不过这种限制主要针对诉讼管辖，并不影响仲裁协议的效力。

一、工程纠纷约定仲裁的法律依据与效力

根据《中华人民共和国仲裁法》的相关规定，平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷，可以仲裁。工程纠纷作为典型的合同纠纷，自然属于可仲裁的范围。同时，该法还明确规定，当事人达成仲裁协议，一方向人民法院起诉的，人民法院不予受理，但仲裁协议无效的除外。这进一步明确了仲裁在解决工程纠纷中的法律地位。

关键点：

• 仲裁协议的法律效力：有效的仲裁协议能够排除法院的管辖权，使纠纷直接进入仲裁程序。
• 仲裁协议的形式与内容：仲裁协议需为书面形式，并明确仲裁意愿、仲裁事项及选定的仲裁委员会。

二、建设工程施工合同纠纷的特殊性

虽然工程纠纷原则上可以约定仲裁，但建设工程施工合同纠纷因其性质特殊，通常被视为不动产纠纷，并因此受到专属管辖的限制。这意味着，在诉讼管辖上，此类纠纷应由不动产（即建设项目）所在地的人民法院管辖。然而，这种专属管辖的限制并不适用于仲裁。

关键点：

• 专属管辖的适用范围：主要限于不动产纠纷、港口作业纠纷及继承遗产纠纷等。
• 仲裁与专属管辖的关系：仲裁协议不受专属管辖的限制，当事人仍可自由约定仲裁解决纠纷。

三、仲裁在工程纠纷解决中的优势

1. 自愿性：仲裁以双方当事人的自愿为前提，更加灵活和高效。
2. 专业性：仲裁委员会通常由具有专业知识和经验的专家组成，能够针对工程纠纷的专业性问题进行准确判断。
3. 保密性：仲裁程序不公开进行，有利于保护当事人的商业秘密和声誉。
4. 终局性：仲裁裁决是终局的，对双方当事人均有约束力，避免了诉讼可能带来的漫长上诉过程。
5. 执行性强：仲裁裁决在多个国家得到承认和执行，为国际工程纠纷的解决提供了便利。

四、实际操作中的注意事项

1. 明确仲裁协议：在签订工程合同时，应明确约定仲裁条款或在纠纷发生前、发生后达成书面仲裁协议。仲裁协议应写明请求仲裁的意思表示、仲裁事项及选定的仲裁委员会。
2. 选择合适的仲裁委员会：根据工程纠纷的具体情况和自身需求选择合适的仲裁委员会，考虑其专业领域、办案效率及费用等因素。
3. 遵守仲裁程序：在仲裁过程中，应遵守仲裁程序的规定，如按时参加庭审、提供证据等，以确保仲裁结果的公正性和合法性。

五、示例与说明

示例：某建筑公司与开发商在合同中约定“因本合同产生的争议提交北京仲裁委员会仲裁”。在发生工程款纠纷时，双方应依约申请仲裁，法院无权管辖。这一约定有效排除了法院的管辖权，使纠纷直接进入仲裁程序。

说明：即使建设工程施工合同纠纷在诉讼上受到专属管辖的限制，但当事人仍可通过仲裁协议选择仲裁方式解决纠纷。这种约定不仅合法有效，还能充分利用仲裁在解决工程纠纷中的优势。

综上所述，工程纠纷在一般情况下是可以约定仲裁的，但需注意建设工程施工合同纠纷的特殊性。在实际操作中，应明确仲裁协议、选择合适的仲裁委员会并遵守仲裁程序，以确保纠纷得到公正、高效和保密的解决。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。