结论：公司规定周六上班是否可以申请仲裁加班费，需根据具体情况判断，主要包括是否存在加班事实、公司是否已支付加班费以及劳动者能否提供有效证据等。

1. 加班事实的认定

• 法律规定：根据《劳动法》的相关规定，劳动者在标准工作时间以外从事工作，即构成加班。周六通常不属于标准工作日，因此，如果公司规定周六上班，且未安排补休，则应视为加班。
• 实际情况：需要确认公司是否确实要求员工在周六工作，以及这种工作安排是否具有普遍性。如果只是偶尔或个别员工在周六工作，可能不构成普遍的加班事实。

2. 加班费的支付情况

• 法律规定：根据《劳动法》第四十四条，休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，应支付不低于工资的百分之二百的工资报酬作为加班费。
• 实际情况：需要核查公司是否已按照法律规定支付了加班费。如果公司未支付或支付的加班费低于法定标准，劳动者有权要求公司补足差额。

3. 证据的收集与提供

• 关键证据：劳动者在申请仲裁时，需要提供能够证明加班事实的证据，如考勤记录、工作安排通知、同事证言等。
• 证据效力：提供的证据应真实、合法、有效，能够形成完整的证据链，以证明加班事实的存在以及公司未支付加班费的情况。

4. 仲裁申请流程

• 准备材料：劳动者在申请仲裁前，应准备好仲裁申请书、身份证明、相关证据材料等。
• 提交申请：将准备好的材料提交至当地劳动争议仲裁委员会，并按照仲裁委员会的要求填写相关表格和缴纳仲裁费用。
• 等待裁决：仲裁委员会在受理申请后，会依法进行审理，并作出裁决。劳动者应耐心等待裁决结果，并根据裁决结果采取相应的行动。

5. 特殊情况考虑

• 综合计算工时制：如果公司实行综合计算工时制，且周六的工作时间已包含在综合计算周期内，且未超过法定工作时间，则可能不构成加班。但这种情况需要具体分析，并确认公司是否已依法获得综合计算工时制的批准。
• 不定时工作制：对于实行不定时工作制的员工，如高级管理人员、外勤人员等，其工作时间通常不受标准工作日的限制，因此周六上班可能不构成加班。但同样需要确认公司是否已依法获得不定时工作制的批准，并确保员工的工作时间符合相关规定。

建议：如果你认为公司规定周六上班且未支付加班费，你可以先与公司进行协商，要求公司支付加班费或安排补休。如果协商无果，你可以向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁，以维护自己的合法权益。在申请仲裁前，建议你收集好相关证据材料，并咨询专业律师的意见，以确保你的权益得到充分保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。