结论前置：违约金日千分之一是否过高，不能一概而论，需结合具体情况及多个因素综合判断。法院或仲裁机构会根据违约金的合理性、实际损失、合同履行情况等因素，对违约金进行调整，以确保其既不过高也不过低，从而维护合同双方的合法权益。
一、法律依据与合法性分析
根据《中华人民共和国民法典》第五百八十五条，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。因此，日千分之一的违约金，如果是双方自愿且在不违反法律法规强制性规定的前提下约定的，是受法律保护的。
二、判断违约金是否过高的具体标准
实际损失对比：
- 核心标准是违约金是否明显超出因违约行为给守约方造成的实际损失。一般来说，如果违约金超过造成损失的一定比例（司法实践中常以30%为参考，但并非绝对标准），就可能被认定为过高。
- 例如，若因逾期付款导致的实际损失为1000元，而约定的违约金为每日千分之一，即每日10元（假设逾期金额为10000元），若逾期30天，则违约金为300元，此时若实际损失远低于300元，则违约金可能被视为过高。
违约行为的性质与后果：
- 考虑违约行为的严重性及其可能给对方带来的后果。例如，在涉及商业机密保护的合同中，违约可能导致巨大经济损失和商业声誉损害，此时较高的违约金可能被认为是合理的。
行业惯例与市场行情：
- 不同行业对于违约金的支付标准存在差异。如果特定行业中普遍认可的违约金标准远低于日千分之一，那么在该行业的合同纠纷中，日千分之一的违约金就可能被认定过高。
当事人的过错程度与合同履行情况：
- 这也是判断违约金是否合理的重要因素。如果违约方存在明显过错或恶意违约，且合同履行情况较差，那么较高的违约金可能被视为合理。
三、司法实践中的处理与建议
协商与调解：
- 在司法实践中，如果双方对违约金的数额有争议，建议首先通过协商解决。协商不成时，可通过调解、诉讼或仲裁方式解决争议。
明确违约金条款：
- 为了避免未来的纠纷，当事人在签订合同时应尽量明确违约金的数额和计算方式，并确保其合理性。例如，可以约定违约金为逾期金额的每日万分之五至千分之一之间，具体根据行业惯例和双方协商确定。
及时寻求法律途径：
- 在合同履行过程中，如发生争议，应及时寻求法律途径解决。例如，可以向法院提起诉讼或向仲裁机构申请仲裁，以维护自身合法权益。
四、总结与进一步建议
综上所述，违约金日千分之一是否过高需根据具体情况判断。当事人在约定违约金时应充分考虑实际损失、违约行为的性质与后果、行业惯例及市场行情等因素，以确保违约金的合理性。在合同履行过程中，如发生争议，应及时咨询专业律师（即我本人，王运鹏律师，专注于经济纠纷、合同纠纷领域），通过法律途径解决争议，以维护自身合法权益。