关于两人共同开公司，其中一人单独加班时加班费的计算问题，需要分情况讨论，以下是具体分析：

1. 若公司已建立加班费支付制度
   根据《劳动法》第四十四条，加班费计算需以劳动合同或公司规章制度中约定的工资基数为准：

   • 工作日加班：支付不低于工资150%的加班费；
     
   • 休息日加班：若不能安排补休，支付不低于工资200%的加班费；
     
   • 法定节假日加班：支付不低于工资300%的加班费。
     关键点：无论股东身份如何，只要存在劳动关系且实际加班，公司均需按上述标准支付加班费。若另一股东未参与经营且无劳动关系，则不涉及加班费问题。

2. 若公司未建立加班费制度或未约定工资基数

   • 工资基数认定：以劳动者正常工作时间工资（即劳动合同约定的基本工资）为准；若未约定，可参考集体合同或同岗位平均工资。
     
   • 举证责任：劳动者需证明加班事实（如考勤记录、工作邮件等），公司若否认则需提供反证（如门禁系统记录、工作安排表等）。
     风险提示：若公司长期未支付加班费，劳动者可依据《劳动合同法》第三十八条主张被迫解除劳动合同，并要求经济补偿。

3. 若双方为合伙关系而非劳动关系

   • 法律性质：若两人以合伙协议形式共同经营公司（如普通合伙企业），则双方属于合伙关系而非劳动关系，不适用《劳动法》关于加班费的规定。
     
   • 处理方式：加班补偿需通过合伙协议约定，例如按工作时长分配利润、给予额外分红或调整管理职责等。
     建议：合伙协议中应明确约定“超出正常工作时间的劳动如何补偿”，避免后续纠纷。

实务建议：

1. 无论何种身份，建议通过书面协议（如劳动合同、合伙协议）明确加班补偿规则；
   
2. 保留加班证据（如考勤记录、工作成果、沟通记录等），以防纠纷；
   
3. 若公司未支付加班费，可先与公司协商，协商不成可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
   

如有进一步疑问（如具体证据收集、协议条款设计等），可直接向我咨询。