结论：合同中约定上班9小时扣1小时吃饭时间是否违法，需结合具体情况判断，若扣除后实际工作时间超过法定标准，则属于违法行为。以下从不同角度详细分析：

一、法律对工作时间的强制性规定

根据《劳动法》第三十六条、第三十八条及《国务院关于职工工作时间的规定》第三条：

1. 标准工时制：劳动者每日工作时间不超过8小时，平均每周不超过40小时。
2. 延长工作时间限制：用人单位因生产经营需要延长工作时间，每日不得超过1小时（特殊原因下每日不超过3小时，每月不超过36小时）。
3. 休息权保障：用人单位应保证劳动者每周至少休息1日。

关键点：若合同约定“上班9小时扣1小时吃饭”，但实际扣除后劳动者每日工作时间仍超过8小时（如扣除后为8.5小时），则违反上述规定。

二、吃饭时间是否计入工作时间的认定

1. 若吃饭时间属于“休息时间”：

   • 根据《劳动部关于职工工作时间有关问题的复函》（劳部发〔1997〕271号），劳动者在法定工作时间内依法参加社会活动期间，或经用人单位安排在工作时间之外从事其他活动的，应视为提供了正常劳动。
   • 若吃饭时间明确为休息时间（如午休1小时），且劳动者在此期间可自由支配（如离开工作岗位、不处理工作事务），则该时间不计入工作时间，合同约定合法。

2. 若吃饭时间属于“工作时间”：

   • 若劳动者在吃饭期间仍需处理工作事务（如接听电话、值班），或用人单位强制要求在岗吃饭（如流水线作业无法离岗），则该时间应计入工作时间。
   • 此时，合同约定“扣1小时吃饭”实为变相延长工作时间，违反《劳动法》关于工时限制的规定。

三、违法后果及劳动者维权途径

1. 违法后果：

   • 用人单位可能面临劳动行政部门责令改正、警告或罚款（《劳动保障监察条例》第二十五条）。
   • 劳动者有权要求用人单位支付加班工资（工作日延长工作时间按150%支付，休息日按200%支付，法定节假日按300%支付）。

2. 维权途径：

   • 收集证据：劳动合同、考勤记录、工资条、工作安排通知等，证明实际工作时间超过法定标准。
   • 协商解决：与用人单位沟通，要求调整工时或支付加班费。
   • 投诉举报：向当地劳动监察大队投诉（电话：12333），或通过“全国根治欠薪线索反映平台”提交线索。
   • 申请仲裁：若协商无果，可在劳动关系终止之日起1年内申请劳动仲裁，主张加班费及经济补偿。

四、特殊情形提示

1. 综合计算工时制：若用人单位经劳动行政部门批准实行综合计算工时制，可在周期内（如周、月、季）统筹安排工作时间，但平均日和周工作时间仍需符合法定标准。
2. 不定时工作制：适用于高管、外勤等无法按标准工时衡量的岗位，但需经劳动行政部门审批，且用人单位应保障劳动者休息权。

建议：若您遇到此类情况，可先核对考勤记录与工资条，确认实际工作时间及加班费支付情况。如有疑问，可直接向我咨询，我将结合具体证据为您分析维权方案。