工厂要求员工写保证书，声称擅自离职将扣钱，这一做法通常是不合法的。以下从不同角度进行分析：
从劳动合同法的角度：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者解除或终止劳动合同，应当遵循法定程序和条件，并支付相应的经济补偿（如适用）。擅自离职，即劳动者未按照法定程序提前通知用人单位而单方面解除劳动合同，虽然可能构成违约，但用人单位并不能因此随意扣除劳动者的工资。
- 工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，用人单位不得无故克扣或拖欠。如果劳动者擅自离职给用人单位造成了损失，用人单位可以通过法律途径要求劳动者赔偿，但不能直接从工资中扣除。
从保证书的法律效力的角度：
- 保证书本身是一种单方承诺，其法律效力取决于内容是否合法、是否违反法律法规的强制性规定，以及是否损害国家、集体或第三人的利益。
- 如果保证书中关于“擅自离职扣钱”的条款违反了劳动合同法的相关规定，那么该条款是无效的，对劳动者不具有法律约束力。
从实际操作的角度：
- 即使工厂要求员工签订了这样的保证书，并在员工擅自离职时试图扣除工资，员工也有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求工厂支付被扣除的工资。
- 劳动监察部门或劳动仲裁机构在审理此类案件时，会依据相关法律法规进行裁决，保护劳动者的合法权益。
建议：
- 对于劳动者而言，如果工厂要求签订此类保证书，应谨慎考虑并咨询专业律师的意见。如果认为保证书中的条款不合法或不合理，可以拒绝签订或要求修改。
- 如果已经签订了保证书并因擅自离职被工厂扣除了工资，劳动者可以收集相关证据（如工资条、保证书、离职证明等），向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
可能后果：
- 如果工厂坚持扣除工资且劳动者未采取法律措施维护自己的权益，那么劳动者可能会遭受经济损失。
- 如果劳动者通过法律途径维权并成功获得支持，工厂不仅需要支付被扣除的工资，还可能面临罚款或其他法律责任。
总之，工厂要求员工写保证书声称擅自离职将扣钱的做法是不合法的。劳动者在面对此类情况时，应了解自己的权益并采取相应的法律措施进行维护。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。